Ini ialah arahan jarak gmx yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-distance - Kira jarak antara pasangan kedudukan
SINOPSIS
jarak gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-semuanya [<.xvg>]] [-oxyz [<.xvg>]]
[-oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-awak ] [-xvg ]
[-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltype ] [-pilih ] [-len ]
[-tol ] [-binw ]
DESCRIPTION
gmx jarak mengira jarak antara pasangan kedudukan sebagai fungsi masa. setiap satu
pemilihan menentukan set bebas jarak untuk dikira. Setiap pilihan harus
terdiri daripada pasangan kedudukan, dan jarak dikira antara kedudukan 1-2, 3-4,
dan lain-lain.
-oav menulis jarak purata sebagai fungsi masa untuk setiap pilihan. -semuanya menulis
semua jarak individu. -oxyz melakukan perkara yang sama, tetapi komponen x, y, dan z bagi
jarak ditulis bukannya norma. -oh menulis histogram jarak untuk
setiap pilihan. Lokasi histogram ditetapkan dengan -len and -tol. Lebar tong ditetapkan
bersama -binw. -oallstat menuliskan purata dan sisihan piawai bagi setiap individu
jarak, dikira di atas bingkai.
Perhatikan bahawa gmx jarak mengira jarak antara pasangan tetap (1-2, 3-4, dsb.) dalam a
pemilihan tunggal. Untuk mengira jarak antara dua pilihan, termasuk minimum,
maksimum, dan jarak berpasangan, gunakan gmx pemain berpasangan.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Pilihan)
Trajektori input atau konfigurasi tunggal: xtc trr cpt hebat g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Pilihan)
Struktur input: tpr hebat g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Kumpulan indeks tambahan
Pilihan untuk menentukan fail output:
-oav [<.xvg>] (distave.xvg) (Pilihan)
Jarak purata sebagai fungsi masa
-semuanya [<.xvg>] (dist.xvg) (Pilihan)
Semua jarak sebagai fungsi masa
-oxyz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Pilihan)
Komponen jarak sebagai fungsi masa
-oh [<.xvg>] (disthist.xvg) (Pilihan)
Histogram jarak
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Pilihan)
Statistik untuk jarak individu
Pilihan lain:
-b (0)
Bingkai pertama (ps) untuk dibaca dari trajektori
-e (0)
Bingkai terakhir (ps) untuk dibaca dari trajektori
-dt (0)
Hanya gunakan bingkai jika t MOD dt == kali pertama (ps)
-awak (ps)
Unit untuk nilai masa: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
Pemformatan plot: tiada, xmgrace, xmgr
-[no]rmpbc (ya)
Jadikan molekul keseluruhan untuk setiap bingkai
-[no]pbc (ya)
Gunakan syarat sempadan berkala untuk pengiraan jarak
-sf
Sediakan pilihan daripada fail
-selrpos (atom)
Kedudukan rujukan pilihan: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltype (atom)
Kedudukan output pilihan lalai: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-pilih
Letakkan pasangan untuk mengira jarak
-len (0.1)
Jarak min untuk histogram
-tol (1)
Lebar pengedaran penuh sebagai pecahan daripada -len
-binw (0.001)
Lebar tong untuk histogram
Gunakan jarak gmx dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net