2ndscore

JADUAL:

NAMA

2ndscore - cari jepit rambut terbaik berlabuh pada setiap kedudukan.

SINOPSIS

2ndscore in.fasta > out.pins rambut

DESCRIPTION

Untuk setiap kedudukan dalam urutan ini akan mengeluarkan satu baris:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(skor) (mula .. tamat) (konteks kiri) (jepit rambut) (konteks kanan)

Untuk kedudukan berhampiran penghujung jujukan, konteksnya boleh diisi dengan 'x'
watak. Jika tiada penyepit rambut ditemui, markah akan menjadi 'Tiada'.

Berbilang fail fasta boleh diberikan dan berbilang urutan boleh berada dalam setiap fail fasta. The
output untuk setiap jujukan akan dipisahkan oleh baris bermula dengan '>' dan mengandungi
Perihalan FASTA tentang jujukan.

Kerana skor jepit rambut bagi helai tambah dan helai tolak mungkin berbeza (disebabkan oleh GU
mengikat dalam RNA), secara lalai 2ndscore mengeluarkan dua set penyepit rambut untuk setiap urutan:
Penyepit rambut FORWARD dan penyepit rambut TERBALIK. Semua penyepit rambut hadapan adalah keluaran dahulu, dan
dikenal pasti dengan mempunyai perkataan 'FORWARD' di hujung baris '>' di hadapannya.
Begitu juga, penyepit rambut REVERSE disenaraikan selepas baris '>' yang berakhir dengan 'REVERSE'. Jika awak
mahu mencari hanya satu atau helai yang lain, anda boleh menggunakan:

--no-fwd Jangan cetak penyepit rambut FORWARD
--no-rvs Jangan cetak penyepit rambut TERBALIK

Anda boleh menetapkan fungsi tenaga yang digunakan, sama seperti dengan transterm dengan --gc, --au, --gu,
--mm, --pilihan jurang. Pilihan --min-loop, --max-loop, dan --max-len juga disokong.

FORMAT OF THE .BEG FILES
Lajur untuk fail .bag adalah, mengikut urutan:

1. nama_gen
2. terminator_start
3. terminator_end
4. hairpin_skor
5. skor_ekor
6. terminator_sequence

7. terminator_confidence: gabungan skor jepit rambut dan ekor itu
mengambil kira kemungkinan skor tersebut dalam urutan rawak. ini
ialah "skor" utama untuk penamat dan dikira seperti yang diterangkan dalam
kertas.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gen: *anggaran* bilangan pangkalan
berpasangan antara hujung gen dan permulaan terminator. ini
adalah anggaran dalam beberapa cara: Pertama, (dan yang paling penting) TransTermHP
tidak selalu menggunakan hujung gen sebenar. Bergantung pada pilihan yang anda berikan
ia mungkin memangkas beberapa hujung gen untuk mengendalikan terminator itu
sebahagiannya bertindih dengan gen. Kedua, di mana penamat "bermula"
tidak begitu jelas. Medan ini hanya bertujuan untuk pemeriksaan kewarasan
(terminator yang dilaporkan sebagai yang terbaik berhampiran hujung gen tidak sepatutnya
_terlalu jauh_ dari hujung gen).

MENGGUNAKAN TRANSTERM TANPA GENOME ANOtasi
TransTermHP menggunakan maklumat gen yang diketahui hanya untuk 3 perkara: (1) menandai dugaan
penamat sebagai sama ada "gen dalam" atau "intergenik," (2) memilih latar belakang GC-
peratusan kandungan untuk mengira markah, kerana gen selalunya mempunyai kandungan GC yang berbeza
daripada kawasan intergenik, dan (3) menghasilkan output yang lebih mudah dibaca. Item (1)
dan (3) tidak benar-benar diperlukan, dan (2) tidak mempunyai kesan jika gen anda mempunyai lebih kurang sama
Kandungan GC sebagai kawasan intergenik anda.

Malangnya, TransTermHP belum mempunyai pilihan mudah untuk dijalankan tanpa anotasi
fail (sama ada .ptt atau .coords), dan memerlukan sekurang-kurangnya 2 gen untuk hadir. Penyelesaian
adalah untuk mencipta gen kecil palsu yang mengapit setiap kromosom. Untuk melakukan ini, buat fake.coords
fail yang mengandungi hanya dua baris ini:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id

di mana L ialah panjang jujukan input dan L-1 ialah 1 kurang daripada panjang input
urutan. "chrom_id" hendaklah perkataan yang terus mengikuti ">" dalam fail .fasta
yang mengandungi urutan anda. (Jika, sebagai contoh, fail .fasta anda bermula dengan ">seq1", maka
chrom_id = seq1).

Ini mencipta anotasi "palsu" dengan dua gen sepanjang 1 asas mengapit jujukan dalam
susunan ekor-ke-ekor: --> <--. TransTermHP kemudiannya boleh dijalankan dengan:

transterm -p expterm.dat sequence.fasta fake.coords

Jika kandungan G/C kawasan intergenik anda adalah lebih kurang sama dengan gen anda, maka ini
tidak akan mempunyai terlalu banyak kesan pada markah yang diterima oleh penamat. Selain itu,
penggunaan TransTermHP ini tidak banyak diuji sama sekali, jadi sukar untuk menjaminnya
ketepatan.

Gunakan 2ndscore dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net