Ini ialah apl Linux bernama NGSEP untuk dijalankan dalam Linux dalam talian yang keluaran terbarunya boleh dimuat turun sebagai NGSEPcore_4.0.1.jar. Ia boleh dijalankan dalam talian dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks untuk stesen kerja.
Muat turun dan jalankan dalam talian apl bernama NGSEP ini untuk dijalankan di Linux dalam talian dengan OnWorks secara percuma.
Ikut arahan ini untuk menjalankan apl ini:
- 1. Memuat turun aplikasi ini dalam PC anda.
- 2. Masukkan dalam pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 3. Muat naik aplikasi ini dalam pengurus filem tersebut.
- 4. Mulakan OnWorks Linux dalam talian atau emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MACOS dari tapak web ini.
- 5. Daripada OS Linux OnWorks yang baru anda mulakan, pergi ke pengurus fail kami https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX dengan nama pengguna yang anda mahukan.
- 6. Muat turun aplikasi, pasang dan jalankan.
SKRIN
Ad
NGSEP untuk dijalankan di Linux dalam talian
DESCRIPTION
NGSEP ialah rangka kerja bersepadu untuk analisis data penjujukan throughput tinggi DNA. Penggunaan utama NGSEP ialah pembinaan dan analisis hiliran set data besar variasi genomik. NGSEP melakukan pengesanan dan genotaip tepat bagi Varian Nukleotida Tunggal (SNV), indel kecil dan besar, ulangan tandem pendek (STR), penyongsangan dan Varian Nombor Salin (CNV). NGSEP juga menyediakan modul untuk anotasi berfungsi, penapisan, penukaran format, perbandingan, pengelompokan, imputasi, analisis introgresi dan pelbagai jenis statistik. Senarai lengkap fungsi tersedia dalam wiki kami (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).BERITA: Kami baru sahaja menyediakan keluaran baris arahan pertama versi 4, termasuk pelaksanaan kami sendiri penjajar bacaan berasaskan indeks FM. Penggunaan baris arahan telah diseragamkan ke atas keseluruhan aplikasi. Sila luangkan masa untuk mengemas kini skrip untuk meningkatkan kepada versi baharu ini. Butiran lanjut boleh didapati di wiki.
Ciri-ciri
- Pengesanan SNP, CNV dan Varian Struktur
- Penjajaran bacaan mentah kepada genom rujukan
- Manipulasi VCF: anotasi berfungsi, cantum, penapis, bandingkan, penukaran format, imputasi
- Pengiraan dan pemplotan statistik SAM/BAM dan VCF
- Membaca Demultiplexing
- Penjajaran himpunan genom beranotasi
- Statistik dan penapisan pada annptations transkriptom dalam format GFF3
Penonton
Industri Penjagaan Kesihatan, Sains/Penyelidikan, Khalayak Lain, Pertanian
Antaramuka pengguna
Java SWT, Konsol/Terminal, Eclipse
Bahasa Pengaturcaraan
Java
Ini adalah aplikasi yang juga boleh diambil dari https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Ia telah dihoskan dalam OnWorks untuk dijalankan dalam talian dengan cara yang paling mudah daripada salah satu Sistem Operasi percuma kami.
