domeinnre - Online in de cloud

PROGRAMMA:

NAAM

domainnr - Verwijdert overbodige domeinen uit een DCF-bestand.

KORTE INHOUD

domeinnr -dcfinbestand in bestand [-data bestand matrixf] -behouden toggle -knooppunt lijst -modus lijst
-drempelwaarde drijven - drempel drijven -thrshup drijven [-gapen drijven]
[-gapeextend drijven] -dcfoutbestand uitbestand -redoutbestand uitbestand -logbestand uitbestand

domeinnr -Help

PRODUCTBESCHRIJVING

domeinnr is een commandoregelprogramma van EMBOSS (“the European Molecular Biology Open
softwarepakket"). Het maakt deel uit van de "Utils:Database creation" opdrachtgroep(en).

OPTIES

Invoer sectie
-dcfinbestand in bestand
Deze optie specificeert de naam van het DCF-bestand (domeinclassificatiebestand) (invoer). Een 'domein
classificatiebestand' bevat classificatie- en andere gegevens voor domeinen uit SCOP of
CATH, in DCF-formaat (EMBL-achtig). De bestanden worden gegenereerd met behulp van SCOPPARSE en
CATHPARSE. Domeinvolgorde-informatie kan aan het bestand worden toegevoegd met behulp van DOMAINSEQS.

-data bestand matrixf
Deze optie specificeert de residuvervangingsmatrix. Dit wordt gebruikt voor volgorde
vergelijking. Standaardwaarde: EBLOSUM62

-behouden toggle
Deze optie specificeert of overbodige domeinen naar een apart bestand moeten worden geschreven. Als dit
optie is geselecteerd, worden redundante domeinen weggeschreven naar een apart uitvoerbestand. Standaard
waarde: Nee

Nodig sectie
-knooppunt lijst
Deze optie specificeert het knooppunt voor het verwijderen van redundantie. Redundantie kan worden verwijderd op
elk gespecificeerd knooppunt in de SCOP- of CATH-hiërarchieën. Bijvoorbeeld door 'Klasse' te selecteren
inzendingen die tot dezelfde Klasse behoren, zijn niet-overbodig. Standaardwaarde: 1

-modus lijst
Deze optie geeft aan of redundantie moet worden verwijderd bij een enkele drempel % reeks
gelijkenis of verwijder redundantie buiten een bereik van acceptabele drempel % gelijkenis.
Alle permutaties van paarsgewijze sequentie-uitlijningen worden voor elk domein berekend
familie op hun beurt met behulp van de EMBOSS-implementatie van de Needleman en Wunsch global
uitlijningsalgoritme. Redundante sequenties worden als volgt in een van de volgende twee modi verwijderd:
(i) Als een paar eiwitten een sequentie van meer dan een drempelpercentage bereikt
gelijkenis (gespecificeerd door de gebruiker) de kortste reeks wordt weggegooid. (ii) Als een paar
van eiwitten hebben een procentuele sequentieovereenkomst die buiten een acceptabele . ligt
bereik (gespecificeerd door de gebruiker) de kortste reeks wordt weggegooid. Standaardwaarde: 1

-drempelwaarde drijven
Deze optie specificeert de redundantiedrempel voor % sequentie-identiteit, die bepaalt
de redundantieberekening. Als een paar eiwitten meer bereiken dan deze drempel
de kortste reeks wordt weggegooid. Standaardwaarde: 95.0

- drempel drijven
Deze optie specificeert de redundantiedrempel voor % sequentie-identiteit, die bepaalt
de redundantieberekening. Als een paar eiwitten een procentuele reeks hebben
gelijkenis die buiten een acceptabel bereik ligt, wordt de kortste reeks weggegooid.
Standaardwaarde: 30.0

-thrshup drijven
Deze optie specificeert de redundantiedrempel voor % sequentie-identiteit, die bepaalt
de redundantieberekening. Als een paar eiwitten een procentuele reeks hebben
gelijkenis die buiten een acceptabel bereik ligt, wordt de kortste reeks weggegooid.
Standaardwaarde: 90.0

Extra sectie
-gapen drijven
Deze optie specificeert de boete voor het invoegen van gaten. Dit is de score die wordt weggenomen wanneer a
kloof ontstaat. De beste waarde hangt af van de keuze van de vergelijkingsmatrix. De standaard
waarde gaat ervan uit dat u de EBLOSUM62-matrix gebruikt voor eiwitsequenties, en de
EDNAFULL-matrix voor nucleotidesequenties. Standaardwaarde: 10

-gapeextend drijven
Deze optie specificeert de boete voor het verlengen van de tussenruimte. Dit wordt toegevoegd aan de standaardopening
straf voor elke base of residu in de opening. Dit is hoe lange onderbrekingen worden bestraft.
Meestal verwacht je een paar lange gaten in plaats van veel korte gaten, dus de kloof
verlenging penalty moet lager zijn dan de gap penalty. Standaardwaarde: 0.5

Geavanceerd sectie
uitgang sectie
-dcfoutbestand uitbestand
Deze optie specificeert de naam van het niet-redundante DCF-bestand (domeinclassificatiebestand)
(uitvoer). Een 'domeinclassificatiebestand' bevat classificatie- en andere gegevens voor
domeinen van SCOP of CATH, in DCF-formaat (EMBL-achtig). De bestanden worden gegenereerd met behulp van
SCOPPARSE en CATHPARSE. Domeinsequentie-informatie kan aan het bestand worden toegevoegd met behulp van
DOMEINENEQ. Standaardwaarde: test.scop

-redoutbestand uitbestand
Deze optie specificeert de naam van het DCF-bestand (domeinclassificatiebestand) voor redundantie
reeksen (uitvoer). Een 'domeinclassificatiebestand' bevat onder meer classificaties
gegevens voor domeinen uit SCOP of CATH, in DCF-formaat (EMBL-achtig). De bestanden worden gegenereerd
door SCOPPARSE en CATHPARSE te gebruiken. Domeinvolgorde-informatie kan aan het bestand worden toegevoegd
door DOMAINSEQS te gebruiken.

-logbestand uitbestand
Deze optie specificeert de naam van het logbestand voor de build. Het logbestand bevat:
berichten over eventuele fouten die zijn opgetreden tijdens het draaien van domeinnr. Standaardwaarde: domeinnr.log

Gebruik domeinnre online met behulp van onworks.net-services