Dit is de Linux-app genaamd ADOMA waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als adoma-1.0.tar.gz. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer deze app met de naam ADOMA gratis online uit met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
SCHERMSCHERMEN:
ADOMA
BESCHRIJVING:
ADOMA staat voor: Alternatieve weergave van meervoudige uitlijning. ADOMA kan vier verschillende weergaven van een uitlijning met meerdere reeksen maken: een ClustalW-uitlijning in HTML-formaat, een vereenvoudigde ClustalW-uitlijning in HTML- en/of txt-formaat en een gekleurde ClustalW-uitlijning in HTML-formaat. Voor voorbeelden van deze uitvoerbestanden bekijk de screenshots. ADOMA gebruikt ClustalW om de meervoudige uitlijning van DNA- of eiwitsequenties te creëren en geeft deze enigszins anders weer dan de normale uitvoer van ClustalW. ADOMA is een opdrachtregelprogramma dat eenvoudig in pijplijnen kan worden gebruikt.
Voor meer informatie raadpleegt u README.md in de sectie Bestanden.
Hoe ADOMA te citeren:
Zaal, D. en Nota, B. (2016), ADOMA: een opdrachtregelprogramma om ClustalW-uitlijningsuitvoer te wijzigen. Mol. Inf., 35: 42–44. doi: 10.1002/minf.201500083
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/minf.201500083/abstract
Gebruikersinterface
Opdrachtregel
Programmeertaal
Unix-shell, Python
Categorieën
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/adoma/. Het is gehost in OnWorks zodat het op de eenvoudigste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.