Dit is de Linux-app genaamd iCAS - An Illumina Clone Assembly System om online in Linux te draaien waarvan de nieuwste release kan worden gedownload als icas_v062.tar.bz2. Het kan online worden uitgevoerd in de gratis hostingprovider OnWorks voor werkstations.
Download en voer online deze app uit met de naam iCAS - Een Illumina Clone Assembly System om gratis online in Linux te draaien met OnWorks.
Volg deze instructies om deze app uit te voeren:
- 1. Download deze applicatie op uw pc.
- 2. Voer in onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX in met de gebruikersnaam die u wilt.
- 3. Upload deze applicatie in zo'n bestandsbeheerder.
- 4. Start de OnWorks Linux online of Windows online emulator of MACOS online emulator vanaf deze website.
- 5. Ga vanuit het OnWorks Linux-besturingssysteem dat u zojuist hebt gestart naar onze bestandsbeheerder https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX met de gewenste gebruikersnaam.
- 6. Download de applicatie, installeer hem en voer hem uit.
iCAS - Een Illumina Clone Assembly-systeem om online in Linux te draaien
BESCHRIJVING:
Kloon-voor-kloon sequencing, als een middel om hoogwaardige assemblages te bereiken voor grote en complexe genomen, blijft van groot belang in het tijdperk van sequencing met hoge doorvoer. Assemblages die zijn verkregen met behulp van de huidige assemblers van het hele genoom, zijn echter vaak gefragmenteerd en hebben soms problemen met de volledigheid van het genoom vanwege verschillende gegevenskenmerken die zijn geïntroduceerd door gemultiplexte sequencing.Met iCAS is het gegevensfilterproces gebaseerd op een nieuw kmer-frequentiealgoritme, wat resulteert in bijna perfecte pre-assemblagelezingen. Contigs worden gegenereerd met behulp van verschillende assemblage-algoritmen en vervolgens samengevoegd om een langere continuïteit te bereiken. Door alle teruglezingen opnieuw uit te lijnen met de concept-contigs en elke sequentiebasis opnieuw te kalibreren, wordt een definitieve consensus bereikt. Met behulp van afgewerkte klonen voor QC kan de pijplijn assemblages verkrijgen met een kloondekking van 99.7% en een consensusbasiskwaliteit van Q39.
Ontwikkeld door het Wellcome Trust Sanger Institute.
Toehoorders
Science / Research
Programmeertaal
Perl, Californië
Dit is een applicatie die ook kan worden opgehaald van https://sourceforge.net/projects/icas/. Het is gehost in OnWorks, zodat het op de gemakkelijkste manier online kan worden uitgevoerd vanaf een van onze gratis besturingssystemen.