To jest polecenie dane, które można uruchomić u dostawcy bezpłatnego hostingu OnWorks przy użyciu jednej z naszych wielu bezpłatnych stacji roboczych online, takich jak Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online systemu Windows lub emulator online systemu MAC OS
PROGRAM:
IMIĘ
dan - Oblicza temperaturę topnienia kwasu nukleinowego
STRESZCZENIE
dan -sekwencja następna -rozmiar okna liczba całkowita -przyrost przesunięcia liczba całkowita -dnaconc unosić się
-sól unosić się [-produkt przełącznik] -formamid unosić się -niedopasowanie unosić się -prodlen liczba całkowita
[-termo przełącznik] -temperatura unosić się -rna boolean -wątek przełącznik -mintemp unosić się
-wykres ksygraf -plik wyjściowy raport
dan -Pomoc
OPIS
dan to program wiersza poleceń firmy EMBOSS („The European Molecular Biology Open Software
Zestaw"). Jest częścią grupy poleceń „Nucleic:Properties,Nucleic:Composition”.
OPCJE
Wkład Sekcja
-sekwencja następna
Wymagane Sekcja
-rozmiar okna liczba całkowita
Wartości temperatury topnienia i innych właściwości termodynamicznych ciągu wynoszą
określa się poprzez pobranie krótkiej sekwencji zwanej oknem i określenie
właściwości sekwencji w tym oknie. Okno jest stopniowo przesuwane wzdłuż
sekwencję z obliczaniem właściwości w każdej nowej pozycji. Wartość domyślna: 20
-przyrost przesunięcia liczba całkowita
Jest to wielkość, o jaką okno jest przesuwane przy każdym kroku w celu znalezienia
temperatura topnienia i inne właściwości w sekwencji. Wartość domyślna: 1
-dnaconc unosić się
Wartość domyślna: 50.
-sól unosić się
Wartość domyślna: 50.
Dodatkowy Sekcja
Produkt Opcje
-produkt przełącznik
Wyświetla się monit o podanie procentu formamidu, procentu dozwolonych niedopasowań i długości produktu.
-formamid unosić się
Określa procent formamidu używany w obliczeniach (jest ignorowany, chyba że
-produkt jest używany). Wartość domyślna: 0.
-niedopasowanie unosić się
Określa procent niedopasowania, który ma zostać użyty w obliczeniach (jest ignorowany, chyba że
-produkt jest używany). Wartość domyślna: 0.
-prodlen liczba całkowita
Określa długość produktu, która będzie używana w obliczeniach (jest ignorowana, chyba że
-produkt jest używany). Wartość domyślna: $(rozmiar okna)
Termodynamiczny Opcje
-termo przełącznik
Wyprowadź wartości DeltaG, DeltaH i DeltaS okien sekwencji na dane wyjściowe
plik.
-temperatura unosić się
Jeśli określono -thermo, określa to temperaturę, w której ma zostać wykonana
obliczyć wartości DeltaG, DeltaH i DeltaS. Wartość domyślna: 25.
Zaawansowane Sekcja
-rna boolean
Określa to, że sekwencja jest sekwencją RNA, a nie sekwencją DNA.
Wydajność Sekcja
-wątek przełącznik
Jeśli nie jest to określone, tworzony jest plik danych wyjściowych, w przeciwnym razie wykres
wytwarzana jest temperatura topnienia wzdłuż sekwencji.
-mintemp unosić się
Wprowadź minimalną wartość skali temperatury (oś Y) wykresu. Domyślna wartość:
55.
-wykres ksygraf
-plik wyjściowy raport
Jeśli wykres nie jest tworzony, w każdym oknie znajdują się dane dotyczące temperatury topnienia itp
wzdłuż sekwencji jest wyprowadzana do pliku.
Używaj danych online, korzystając z usług onworks.net