Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie NGSEP do uruchamiania w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako NGSEPcore_4.0.1.jar. Można go uruchomić online w darmowym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online tę aplikację o nazwie NGSEP, aby bezpłatnie uruchomić system Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
ZRZUTY EKRANU
Ad
NGSEP do uruchomienia w Linuksie online
OPIS
NGSEP to zintegrowana platforma do analizy wysokoprzepustowych danych sekwencjonowania DNA. Głównym zastosowaniem NGSEP jest konstruowanie i późniejsza analiza dużych zbiorów danych dotyczących zmienności genomowej. NGSEP przeprowadza dokładne wykrywanie i genotypowanie wariantów pojedynczych nukleotydów (SNV), małych i dużych indeli, krótkich powtórzeń tandemowych (STR), inwersji i wariantów liczby kopii (CNV). NGSEP zapewnia również moduły do adnotacji funkcjonalnych, filtrowania, konwersji formatu, porównywania, grupowania, imputacji, analizy introgresji i różnych rodzajów statystyk. Pełna lista funkcji jest dostępna na naszej wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).AKTUALNOŚCI: Właśnie udostępniliśmy pierwsze wydanie wersji 4 wiersza poleceń, w tym naszą własną implementację wyrównywacza odczytów opartego na indeksie FM. Użycie wiersza poleceń zostało ustandaryzowane w całej aplikacji. Poświęć trochę czasu na zaktualizowanie skryptów w celu uaktualnienia do nowej wersji. Dalsze szczegóły są dostępne na wiki.
Funkcje
- Wykrywanie SNP, CNV i wariantów strukturalnych
- Dopasowanie surowych odczytów do genomu referencyjnego
- Manipulacja VCF: adnotacja funkcjonalna, scalanie, filtrowanie, porównywanie, konwersja formatu, imputacja
- Obliczanie i kreślenie statystyk SAM/BAM i VCF
- Czyta demultipleksowanie
- Dopasowanie opatrzonych adnotacjami zespołów genomu
- Statystyka i filtrowanie anptacji transkrypcji w formacie GFF3
Publiczność
Opieka zdrowotna, nauka/badania, inni odbiorcy, rolnictwo
Interfejs użytkownika
Java SWT, konsola/terminal, Eclipse
Język programowania
Java
Jest to aplikacja, którą można również pobrać z https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Jest hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.
