Jest to aplikacja dla systemu Linux o nazwie iCAS – An Illumina Clone Assembly System, działająca w systemie Linux online, której najnowszą wersję można pobrać jako icas_v062.tar.bz2. Można go uruchomić online w bezpłatnym dostawcy hostingu OnWorks dla stacji roboczych.
Pobierz i uruchom online aplikację o nazwie iCAS - An Illumina Clone Assembly System, która będzie działać bezpłatnie w systemie Linux online z OnWorks.
Postępuj zgodnie z tymi instrukcjami, aby uruchomić tę aplikację:
- 1. Pobrałem tę aplikację na swój komputer.
- 2. Wpisz w naszym menedżerze plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 3. Prześlij tę aplikację w takim menedżerze plików.
- 4. Uruchom emulator online OnWorks Linux lub Windows online lub emulator online MACOS z tej witryny.
- 5. W systemie operacyjnym OnWorks Linux, który właśnie uruchomiłeś, przejdź do naszego menedżera plików https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX z wybraną nazwą użytkownika.
- 6. Pobierz aplikację, zainstaluj ją i uruchom.
iCAS — system montażu klonów firmy Illumina do działania w systemie Linux online
OPIS:
Sekwencjonowanie klon po klonie, jako sposób na uzyskanie wysokiej jakości zespołów dużych i złożonych genomów, w dalszym ciągu ma ogromne znaczenie w erze sekwencjonowania o dużej przepustowości. Jednakże zespoły uzyskane przy użyciu obecnych asemblerów całego genomu są często fragmentaryczne i czasami występują problemy z kompletnością genomu ze względu na różne cechy danych wprowadzone przez sekwencjonowanie multipleksowe.W iCAS proces filtrowania danych opiera się na nowatorskim algorytmie częstotliwości kmera, co zapewnia niemal doskonałe odczyty przed montażem. Kontigi są generowane przy użyciu różnych algorytmów składania, a następnie łączone w celu uzyskania dłuższej ciągłości. Ponowne dopasowanie wszystkich odczytów do kontigów roboczych i ponowna kalibracja każdej podstawy sekwencji pozwala osiągnąć ostateczny konsensus. Wykorzystując gotowe klony do kontroli jakości, rurociąg jest w stanie uzyskać zespoły z pokryciem klonów na poziomie 99.7% i bazową jakością Q39.
Opracowano w Wellcome Trust Sanger Institute.
Publiczność
Nauka/Badania
Język programowania
Perł, C
Jest to aplikacja, którą można również pobrać ze strony https://sourceforge.net/projects/icas/. Został on hostowany w OnWorks, aby można go było uruchomić online w najprostszy sposób z jednego z naszych bezpłatnych systemów operacyjnych.