Este é o comando insegt que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
insegt - INtersecção de dados de sequenciamento de SEcond Generation com anotação
SINOPSE
insegt [OPÇÕES]
DESCRIÇÃO
INSEGT é uma ferramenta para analisar alinhamentos de leituras de RNA-Seq (single-end ou par-end)
usando anotações de genes.
A entrada para o INSEGT é um arquivo SAM contendo os alinhamentos e um arquivo contendo o
anotações do genoma de referência, em formato GFF ou GTF.
-h, --Socorro
Exibe esta mensagem de ajuda.
--versão
Exibir informações de versão
Opções:
-ro, --leitura-saída ARQUIVO
Nome do arquivo de saída para leitura-saída, que contém as anotações mapeadas seguidas por
sua anotação pai. O tipo de arquivo válido é: gff.
-ao, --anno-saída ARQUIVO
Nome do arquivo de saída para anno-output, que contém as anotações semelhantes ao GFF
entrada e, adicionalmente, as contagens das leituras mapeadas e a expressão normalizada
níveis em RPKM. O tipo de arquivo válido é: gff.
-para, - saída dupla ARQUIVO
Nome do arquivo de saída para a saída da tupla, que contém tuplas de exon conectadas por leituras ou
pares de pares. O tipo de arquivo válido é: gff.
-fo, --fusão-saída STR
Nome do arquivo de saída para a saída de fusão, que contém tupla de exon de fusões gênicas
(Opção avançada, atualmente sem porta de saída para KNIME). Um de gff.
-n, --nuplo INT
Padrão ntuplo: 2.
-o, --offset-intervalo INT
Desvio para intervalos curtos de alinhamento para pesquisa. Padrão: 5.
-t, --intervalos de limite INT
Limiar para lacunas permitidas no alinhamento (não introns). Padrão: 5.
-c, --limiar-contagem INT
Limiar para min. contagem de tupla para saída. Padrão: 1.
-r, --limiar-rpkm DUPLO
Limiar para min. RPKM de tupla para saída. Padrão: 0.0.
-m, - max-tuple
Crie apenas maxTuple (que são abrangidos por toda a leitura).
-e, --exact-nuple
Crie apenas tupla de comprimento exato n. Por padrão, todas as tuplas até o comprimento determinado
são calculados (se -m está definido, -e será ignorado).
-u, - orientação desconhecida
A orientação das leituras é desconhecida.
EXEMPLOS
inserir
example / alignments.sam example / annotations.gff
Execute INSEGT em arquivos de exemplo com parâmetros padrão.
inserir -m example / alignments.sam example / annotations.gff
Execute INSEGT em arquivos de exemplo e calcule apenas maxTuple.
inserir -c 2 example / alignments.sam example / annotations.gff
Execute INSEGT nos arquivos de exemplo e produza apenas a tupla com um mínimo. contagem de 2.
VERSÃO
versão insegt: 1.0 Última atualização 2012/09/11
Use insegt online usando serviços onworks.net