leaff - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

leaff - utilitários e aplicativos de biblioteca de sequência

SINOPSE

folha [-f arquivo-fasta] [opções]

DESCRIÇÃO

LEAFF (Vamos extrair qualquer coisa do Fasta) é um programa utilitário para trabalhar com
arquivos fasta. Além de fornecer acesso aleatório ao nível básico, inclui vários
funções de análise.

OPÇÕES

ARQUIVOS FONTE
-f arquivo: usa a sequência em 'arquivo' (-F também é permitido por razões históricas)
-Um arquivo: ler ações de 'arquivo'

EXAME DE ARQUIVO DE FONTE
-d: imprime o número de sequências no fasta
-i nome: imprime um índice, rotulando a fonte como 'nome'

OPÇÕES DE SAÍDA
-6 <#>: insere uma nova linha a cada 60 letras
(se o próximo argumento for um número, novas linhas são inseridas a cada
n letras, por exemplo, -6 80. Desative as quebras de linha com -6 0,
ou simplesmente não use -6!)
-e beg end: Imprime apenas as bases da posição 'beg' para a posição 'end'
(com base no espaço, em relação à sequência FORWARD!) Se
beg == end, então toda a seqüência é impressa. É um
erro ao especificar início> fim, ou início> len, ou fim> len.
-ends n Imprime n bases de cada extremidade da seqüência. Uma entrada
sequência gera duas sequências de saída, com '_5' ou '_3'
anexado ao ID. Se 2n> = comprimento da sequência, o
a própria sequência é impressa, nenhuma extremidade é extraída (eles
sobreposição).
-C: complementa as sequências
-H: NÃO imprima o defline
-h: Use a próxima palavra como defline ("-H -H" será redefinido para o
definição original
-R: inverter as sequências
-u: maiúsculas todas as bases

SEQUÊNCIA DE SEQUÊNCIA
-G nsl: imprime n sequências geradas aleatoriamente, 0 <s <= comprimento <= l
-L sl: imprime todas as sequências de modo que s <= comprimento <l
-N lh: imprime todas as sequências de modo que l <=% N composição <h
(NOTA 0.0 <= l <h <100.0)
(NOTE que você não pode imprimir sequências com 100% N
Este é um bug útil).
-q arquivo: imprime sequências da lista de seqid em 'arquivo'
-r num: imprime 'num' sequências escolhidas aleatoriamente
-s seqid: imprime a sequência única 'seqid'
-S fl: imprime todas as sequências de ID 'f' a 'l' (inclusive)
-W: imprime todas as sequências (faz todo o arquivo)

MAIS AJUDA
-ajuda análise
-ajuda exemplos

FUNÇÕES DE ANÁLISE
--findduplica a.fasta
Relata sequências que estão presentes mais de uma vez. Saída
é uma lista de pares de deflines, separados por uma nova linha.

--mapduplica a.fasta b.fasta
Constrói um mapa de IIDs de a.fasta e b.fasta que têm
sequências idênticas. O formato é "IIDa <-> IIDb"

--md5 a.fasta:
Não imprima a sequência, mas imprima a soma de verificação md5
(de toda a sequência) seguido por toda a definição.

--prefixo de partição [n [gmk] bp | n] a.fasta
--partitionmap [n [gmk] bp | n] a.fasta
Particione as sequências em pedaços de tamanhos aproximadamente iguais de
tamanho nbp, nkbp, nmbp ou ngbp; ou em n tamanhos aproximadamente iguais
partições. Seqüências maiores que o tamanho da partição são
em uma partição por eles mesmos. --partitionmap escreve um
descrição da partição para stdout; --partiton cria
um arquivo fasta 'prefix - ###. fasta' para cada partição.
Exemplo: -F some.fasta --partition parts 130mbp
-F some.fasta --partição partes 16

--segment prefixo n a.fasta
Divide as sequências em n arquivos, prefixo - ###. Fasta.
As sequências não são reordenadas; as primeiras n sequências estão em
o primeiro arquivo, o próximo n no segundo arquivo, etc.

--gccontent a.fasta
Relata o conteúdo do GC em uma janela deslizante de
3, 5, 11, 51, 101, 201, 501, 1001, 2001 pb.

--testindex a.fasta
Teste o índice de 'arquivo'. Se o índice estiver atualizado, leaff
sai com sucesso, senão, leaff sai com o código 1. Se um
arquivo de índice é fornecido, aquele é testado, caso contrário, o
o nome do arquivo de índice padrão é usado.

--dumpblocks a.fasta
Gera uma lista dos blocos de N e não N. Saída
o formato é 'base seq # beg end len'. 'N 84 483 485 2' significa
que um bloco de 2 N's começa na posição baseada no espaço 483
na seqüência ordinal 84. A '.' é o fim da sequência
marcador.

--errors LNCP a.fasta
Para cada sequência no arquivo de entrada, gere novos
sequências incluindo erros de sequenciação simulados.
L - comprimento da nova sequência. Se zero, o comprimento
da seqüência original será usado.
N - número de subseqüências a serem geradas. Se L = 0, todos
subsequências serão as mesmas, e você deve usar
Em vez disso.
C - número de cópias a gerar. Cada um dos N
subsequências terão cópias C, cada uma com diferentes
erros.
P - probabilidade de um erro.

SUGESTÃO: para simular ESTs de genes, use L = 500, N = 10, C = 10
- fazer C = 10 execuções de sequenciador de N = 10 sequências EST
de comprimento de 500 bp cada.
para simular mRNA de genes, use L = 0, N = 10, C = 10
para simular leituras de genomas, use L = 800, N = 10, C = 1
- é claro, N = deve ser aumentado para dar o
profundidade apropriada de cobertura

--stats a.fasta
Estatísticas de tamanho de relatórios; número, N50, soma, maior.

--seqstore fora.seqStore
Converte o arquivo de entrada (-f) em um arquivo seqStore (por exemplo,
para uso com o assembler Celera ou sim4db).

NOTAS

Observe que as opções são DEPENDENTES DO PEDIDO. As sequências são impressas sempre que uma SEQUENCE
A opção SELEÇÃO ocorre na linha de comando. OPÇÕES DE SAÍDA não são redefinidas quando uma sequência
é impresso.

SEQUÊNCIAS são numeradas começando em ZERO, não um!

EXEMPLOS

1. Imprima as primeiras 10 bases da quarta sequência no arquivo 'genes':
genes leaff -f -e 0 10 -s 3

2. Imprima as primeiras 10 bases da quarta e quinta sequências:
genes leaff -f -e 0 10 -s 3 -s 4

3. Imprima a quarta e quinta sequências com complementação reversa e a sexta
sequência para a frente. O segundo conjunto de -R -C desativa o complemento reverso:
genes leaff -f -R -C -s 3 -s 4 -R -C -s 5

4. Converta o arquivo 'genes' em um seqStore 'genes.seqStore'.
leaff -f genes --seqstore genes.seqStore

Use leaff online usando serviços onworks.net