mia-3ddistance-stats - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mia-3ddistance-stats - Avalie as estatísticas de distância para duas imagens rotuladas.

SINOPSE

mia-3ddistance-stats -i -r -o [opções]

DESCRIÇÃO

mia-3ddistance-stats Este programa é usado para avaliar a distância entre igualmente
áreas rotuladas em duas imagens. O arquivo de saída é um arquivo csv contendo as distâncias para
cada coordenada rotulada na imagem de teste na seguinte forma:

rótulo, n-amostras, distância, distância, ...

Um programa R simples para obter algumas estatísticas por rótulo a partir desses dados pareceria

args <- commandArgs (TRUE)
dados <- read.csv (args [1], cabeçalho = FALSO)
para (i em 1: dim (dados) [1]) {
linha <- dados [i,]
rótulo <- as.integer (linha [1])
end_range <- 2 + as.numeric (linha [2])
s <- as.numeric (linha [3: end_range])
resultado <- sprintf ("% d% 8.4f% 8.4f% 8.4f% 8.4f0
rótulo, média (s), sqrt (var (s)), mediana (s), máx. (s))
gato (resultado)
}

OPÇÕES

Arquivo-IO
-i --in-labels = (entrada, obrigatório); io
imagem do rótulo de entrada Para os tipos de arquivo suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-r --ref-labels = (entrada, obrigatório); io
imagem do rótulo de referência Para os tipos de arquivo suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-l --label-map = (entrada); fragmento
mapeamento opcional de números de etiqueta

-o --out-file = (saída, obrigatório); fragmento
nome do arquivo de saída para gravar as distâncias. O arquivo de saída é um arquivo csv,
contendo distâncias listadas para cada etiqueta.

Ajuda & Info
-V --verbose = aviso
detalhamento de saída, mensagens de impressão de determinado nível e prioridades mais altas.
As prioridades com suporte começando no nível mais baixo são:
info - Mensagens de baixo nível
traçar - Rastreamento de chamada de função
falhar - Reportar falhas de teste
aviso - Avisos
erro - Reportar erros
depurar - Saída de depuração
mensagem - Mensagens normais
fatal - Reportar apenas erros fatais

--direito autoral
imprimir informações de direitos autorais

-h --ajuda
imprima esta ajuda

-? --uso
imprimir uma pequena ajuda

--versão
imprima o número da versão e saia

Tratamento
--threads = -1
Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento, este número deve ser menor
ou igual ao número de núcleos de processador lógico na máquina. (-1:
estimativa automática). Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento,
o número deve ser menor ou igual ao número de núcleos de processador lógico em
a máquina. (-1: estimativa automática).

PLUGINS: 3dimage / io

analisar Analisar imagem 7.5

Extensões de arquivo reconhecidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos suportados:
8 bits não assinados, 16 bits assinados, 32 bits assinados, ponto flutuante 32 bits,
ponto flutuante de 64 bits

conjunto de dados IO virtual de e para o pool de dados interno

Extensões de arquivo reconhecidas:. @

dicom Série de imagens Dicom como 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos suportados:
16 bits com sinal, 16 bits sem sinal

hdf5 IO de imagem 5D HDF3

Extensões de arquivo reconhecidas: .H5, .h5

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, flutuante
ponto de 32 bits, ponto flutuante de 64 bits

ínria Imagem INRIA

Extensões de arquivo reconhecidas: .INR, .inr

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

mhd MetaIO 3D IO de imagem usando a implementação VTK (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

bacana NIFTI-1 imagem 3D IO

Extensões de arquivo reconhecidas: .NII, .nii

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, ponto flutuante 32
bit, ponto flutuante 64 bits

vff Formato raster VFF Sun

Extensões de arquivo reconhecidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos suportados:
8 bits sem sinal, 16 bits com sinal

vista Visualização 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado

vti Entrada e saída VTK-XML de imagem 3D (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

vtk Entrada e saída de legado de imagem 3D VTK (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado

EXEMPLO

Avalie as distâncias de cada rótulo disponível em image.v para os rótulos correspondentes em
a imagem reference.v ans armazena o resultado em uma lista de valores separados por vírgulas, ou seja,
distâncias.csv.

mia-3ddistance-stats -i imagem.v -r referência.v -o distâncias.csv

AUTOR (es)

Gert Wollny

DIREITOS AUTORAIS

Este software é protegido por Copyright (c) 1999-2015 Leipzig, Alemanha e Madrid, Espanha. Vêm
com ABSOLUTAMENTE NENHUMA GARANTIA e você pode redistribuí-lo sob os termos do GNU
LICENÇA PÚBLICA GERAL Versão 3 (ou posterior). Para obter mais informações, execute o programa com o
opção '--copyright'.

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