tigr-glimmer3 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

tigr-glimmer — Găsește/Scorează gene potențiale în fișierul genomului folosind modelul de probabilitate în
icm-file

REZUMAT

tigr-glimmer3 [genom-file] [fișier-icm] [[Opțiuni]]

DESCRIERE

tigr-glimmer este un sistem de găsire a genelor în ADN-ul microbian, în special în genomul
bacterii și arhee. tigr-glimmer (Gene Locator și Interpolated Markov Modeler) utilizări
modele Markov interpolate (IMM) pentru a identifica regiunile de codificare și pentru a le distinge
ADN necodificator. Abordarea IMM, descrisă în documentul nostru de cercetare privind acizii nucleici tigr-
licărire 1.0 și în lucrarea noastră ulterioară despre tigr-glimmer 2.0, folosește o combinație de Markov
modele de ordinul 1 până la 8, ponderând fiecare model în funcție de puterea lui de predicție.
tigr-glimmer 1.0 și 2.0 utilizează modele Markov neomogene cu 3 perioade în IMM-urile lor.

tigr-glimmer este principalul instrument de căutare a genelor microbiene la TIGR și a fost folosit pentru adnotare
genomul complet al B. burgdorferi (Fraser et al., Nature, Dec. 1997), T. pallidum
(Fraser et al., Science, iulie 1998), T. maritima, D. radiodurans, M. tuberculosis și
proiecte non-TIGR, inclusiv C. trachomatis, C. pneumoniae și altele. Analizele sale de
unele dintre aceste genomi și altele sunt disponibile pe site-ul bazei de date microbiene TIGR.

O versiune specială a tigr-glimmer conceput pentru eucariote mici, a fost obișnuit GlimmerM
găsiți genele din cromozomul 2 al parazitului malariei, P. falciparum.. GlimmerM este
descrise în SL Salzberg, M. Pertea, AL Delcher, MJ Gardner și H. Tettelin,
„Modele Markov interpolate pentru găsirea genelor eucariote”, Genomics 59 (1999), 24-31.
Click aici (http://www.tigr.org/software/glimmerm/) pentru a vizita site-ul GlimmerM, care
include informații despre cum să descărcați sistemul GlimmerM.

tigr-glimmer sistemul este format din două programe principale. Prima dintre acestea este antrenamentul
program, build-imm. Acest program preia un set de intrări de secvențe și build-uri și ieșiri
IMM-ul pentru ei. Aceste secvențe pot fi gene complete sau doar orf parțiale. Pentru un nou
genomului, aceste date de antrenament pot consta din acele gene cu accesări puternice la baza de date, precum și
cadre de citire deschise foarte lungi care sunt aproape sigure din punct de vedere statistic a fi gene. The
al doilea program este glimmer, care folosește acest IMM pentru a identifica genele presupuse într-un întreg
genomului. tigr-glimmer rezolvă automat conflictele dintre majoritatea genelor care se suprapun prin
alegând unul dintre ei. De asemenea, identifică genele despre care se suspectează că se suprapun cu adevărat și
semnalează acestea pentru o inspecție mai atentă de către utilizator. Acești candidați genetici „suspecți” au fost
un procent foarte mic din total pentru toți genomii analizați până acum. tigr-glimmer
este un program care...

OPŢIUNI

-C n Utilizați n ca procent GC al modelului independent

Notă: n ar trebui să fie un procent, de exemplu, -C 45.2

-f Utilizați energia de legare a ribozomilor pentru a alege codonul de pornire

+f Utilizați primul codon în orf ca codon de început

-g n Setați lungimea minimă a genei la n

-i nume de fișier
Utilizare nume de fișier la selecta regiuni of Baze de acea sunt de pe limite, so acea Nu. Baze de
în acea zonă voi be examinat

-l Să presupunem genomul liniar, mai degrabă decât circular, adică fără înveliș

-L nume de fișier
Utilizați nume de fișier pentru a specifica o listă de orf care ar trebui să fie punctate separat, cu nr
reguli de suprapunere

-M Intrarea este un fișier multifasta de gene separate care urmează să fie punctate separat, cu nr
reguli de suprapunere

-o n Setați lungimea minimă de suprapunere la n. Suprapunerile mai scurte decât aceasta sunt ignorate.

-p n Setați procentul minim de suprapunere la n%. Se suprapune mai scurte decât acest procent de
*ambele* șiruri sunt ignorate.

-q n Setați lungimea maximă orf care poate fi respinsă din cauza independentei
coloana scorului de probabilitate la (n - 1)

-r Nu utilizați coloana independentă a scorului de probabilitate

+r Utilizați coloana independentă a scorului de probabilitate

-r Nu utilizați coloana independentă a scorului de probabilitate

-s s Utilizați șirul s ca model de legare a ribozomului pentru a găsi codoni de pornire.

+S Folosiți un model intergenic independent mai strict, care nu oferă probabilități
codoni de oprire în cadru. (Opțiunea este învechită, deoarece acesta este acum singurul comportament

-t n Setați scorul de prag pentru apelarea ca genă la n. Dacă scorul în cadru >= n, atunci
regiunii i se atribuie un număr și este considerată o genă potențială.

-w n Folosiți scoruri „slabe” pe genele tentative n sau mai lungi. Scorurile slabe ignoră
scor de probabilitate independent.

Utilizați tigr-glimmer3 online folosind serviciile onworks.net