Aceasta este aplicația Linux numită NGSEP, care rulează în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca NGSEPcore_4.0.1.jar. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită NGSEP pentru a rula în Linux online cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
NGSEP să ruleze online în Linux
DESCRIERE
NGSEP este un cadru integrat pentru analiza datelor de secvențiere a ADN-ului de mare capacitate. Principala utilizare a NGSEP este construirea și analiza în aval a unor seturi mari de date ale variației genomice. NGSEP efectuează detectarea și genotiparea precisă a variantelor de nucleotidă unică (SNV), indels mici și mari, repetări scurte în tandem (STR), inversări și variante de număr de copiere (CNV). NGSEP oferă, de asemenea, module pentru adnotare funcțională, filtrare, conversie de format, comparare, grupare, imputare, analiză de introgresie și diferite tipuri de statistici. O listă completă de funcționalități este disponibilă în wiki-ul nostru (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).ȘTIRI: Tocmai am pus la dispoziție prima versiune de linie de comandă a versiunii 4, inclusiv propria noastră implementare a unui aliniator de citire bazat pe index FM. Utilizarea liniei de comandă a fost standardizată pentru întreaga aplicație. Vă rugăm să faceți timp pentru a actualiza scripturile pentru a face upgrade la această nouă versiune. Mai multe detalii sunt disponibile pe wiki.
Categorii
- Detectarea SNP-urilor, CNV-urilor și a variantelor structurale
- Alinierea citirilor brute la un genom de referință
- Manipulare VCF: adnotare funcțională, îmbinare, filtrare, comparare, conversie de format, imputare
- Calcularea și reprezentarea statisticilor SAM/BAM și VCF
- Citește Demultiplexing
- Alinierea ansamblurilor de genom adnotate
- Statistici și filtrare pe annptările transcriptomului în format GFF3
Public
Industria sănătății, știință/cercetare, alt public, agricultură
Interfața cu utilizatorul
Java SWT, Consolă/Terminal, Eclipse
Limbaj de programare
Java
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/ngsep/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.
