Aceasta este aplicația Linux numită iCAS - An Illumina Clone Assembly System pentru a rula în Linux online, a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca icas_v062.tar.bz2. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită iCAS - An Illumina Clone Assembly System pentru a rula gratuit în Linux online cu OnWorks.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
iCAS - Un sistem de asamblare clonă Illumina care rulează online în Linux
DESCRIERE:
Secvențierea clonă cu clonă, ca mijloc de realizare a ansamblurilor de înaltă calitate pentru genomi mari și complexi, continuă să fie de mare relevanță în era secvențierii cu randament ridicat. Cu toate acestea, ansamblurile obținute folosind asamblori actuali ai întregului genom sunt adesea fragmentate și uneori au probleme de completitudine a genomului datorită diferitelor caracteristici ale datelor introduse de secvențierea multiplexată.Cu iCAS, procesul de filtrare a datelor se bazează pe un nou algoritm de frecvență kmer, rezultând citiri aproape perfecte de pre-asamblare. Contig-urile sunt generate folosind diferiți algoritmi de asamblare și apoi fuzionate împreună pentru a obține o continuitate mai lungă. Re-alinierea tuturor citirilor înapoi la schița contigs și recalibrarea fiecărei baze de secvență obține un consens final. Folosind clone finite pentru QC, conducta este capabilă să obțină ansambluri cu o acoperire a clonelor de 99.7% și o calitate de bază de consens de Q39.
Dezvoltat la Wellcome Trust Sanger Institute.
Public
Știință/Cercetare
Limbaj de programare
Perl, C
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/icas/. Acesta a fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online în cel mai simplu mod de la unul dintre sistemele noastre operative gratuite.