Это команда gt-matchtool, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-matchtool - Анализирует форматы соответствия и / или вызывает инструменты сопоставления.
СИНТАКСИС
gt спичечный инструмент [вариант ...]
ОПИСАНИЕ
Типа [...]
выберите формат файла соответствия: OPENMATCH: открытый совпадение формат, например vmatch BLASTOUT: табличный
Выход BLAST (-m 8) BLASTALLP: вызвать BLASTALL с помощью blastp BLASTALLN: вызвать BLASTALL
с blastn BLASTP: вызвать blastp BLASTN: вызвать blastn LAST: вызвать LAST SW: использовать
Смит-Уотерман (по умолчанию: OPENMATCH)
-matchfile [имя файла]
установить имя входного файла (по умолчанию: не определено)
-db [имя файла]
установить имя файла базы данных (по умолчанию: undefined)
-свминлен [ценностное ]
установить минимальную требуемую длину центровки (для центровки Смита-Уотермана) (по умолчанию: 10)
-swmaxedist [ценностное ]
установить максимально допустимое расстояние редактирования (для выравнивания Смита-Уотермана) (по умолчанию: 0)
-запрос [имя файла]
установить имя файла запроса (по умолчанию: undefined)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибкахgt-users@genometools.org>.
Используйте gt-matchtool онлайн с помощью сервисов onworks.net