Это команда SIBsim4, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
SIBsim4 - выравнивание последовательностей РНК с последовательностью ДНК с учетом интронов
СИНТАКСИС
СИБсим4 [ кредита ] Г-жа РНК_дб
ОПИСАНИЕ
СИБсим4 это основанный на сходстве инструмент для выравнивания набора экспрессируемых последовательностей (EST,
мРНК) с геномной последовательностью ДНК.
Запуск СИБсим4 без аргументов напечатает список опций вместе с их
значения по умолчанию.
СИБсим4 использует методику взрыва, чтобы сначала определить основные совпадающие блоки
представляющие «ядра экзонов». На этом первом этапе он обнаруживает все возможные точные совпадения.
W-мер (т. е. слов ДНК размера W) между двумя последовательностями и расширяет их до
максимальное количество очков без зазоров. На втором этапе ядра экзонов расширяются в
соседние, еще не сопоставленные фрагменты с использованием жадных алгоритмов выравнивания и эвристики
используются для предпочтения конфигураций, которые соответствуют сигналам распознавания сайтов сплайсинга.
(например, GT-AG). При необходимости процесс повторяется с менее строгими параметрами на
непревзойденные фрагменты.
По умолчанию СИБсим4 ищет обе нити и сообщает о лучших совпадениях, измеренных
количество совпадающих нуклеотидов, обнаруженных при выравнивании. В R параметр командной строки может быть
используется для ограничения поиска только одной ориентацией (цепью).
В настоящее время поддерживаются четыре основных параметра отображения выравнивания, управляемых A опцию.
По умолчанию используются только конечные точки, общее сходство и ориентация интронов.
сообщил. Знак стрелки ('->' или '<-') указывает ориентацию интрона. Знак
«==» обозначает отсутствие при выравнивании фрагмента кДНК, начинающегося с этого положения.
В приведенном ниже описании термин MSP обозначает максимальную балльную пару, то есть пару
очень похожие фрагменты в двух последовательностях, полученные во время процедуры взрыва
расширение совпадения W-mer по спичкам и, возможно, нескольким несоответствиям.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-А
Выходной формат
0: только конечные точки экзона
1: выравнивание текста
3: как конечные точки экзона, так и текст выравнивания
4: как конечные точки экзона, так и текст выравнивания с информацией polyA
Обратите внимание, что 2 не реализовано.
Значение по умолчанию 0.
-C
Порог оценки MSP для второго прохода.
Значение по умолчанию 12.
-c
минимальное значение отсечения баллов. Расстановки, получившие оценку ниже этого значения, не
сообщается.
Значение по умолчанию 50.
-E
значение отсечки.
Значение по умолчанию 3.
-f
фильтр оценок в процентах. Когда обнаружено несколько совпадений для одного и того же элемента РНК,
только те, у кого есть оценка в пределах этого процента от максимальной оценки для этой РНК
сообщается. Установка этого значения на 0 отключает фильтрацию, и все обращения будут
сообщаться при условии, что их оценка выше порогового значения, указанного в c
опцию.
Значение по умолчанию 75.
-грамм
присоединяются к экзонам, когда промежутки в геноме и РНК имеют длину, которая различается не более чем на это
процент.
Значение по умолчанию 10.
-ЧАС
сообщать химерные расшифровки, когда лучший результат ниже, чем этот процент
общий охват РНК и оценка химеры больше, чем этот процент
длина РНК (0 отключает этот отчет)
Значение по умолчанию 75.
-Я
ширина окна для поиска сплайсинга интронов.
Значение по умолчанию 6.
-K
Порог оценки MSP для первого прохода.
Значение по умолчанию 16.
-L
список типов прямого монтажа, разделенных запятыми.
Значение по умолчанию - «GTAG, GCAG, GTAC, ATAC».
-M
подсчитывая сайты сплайсинга, оценивают соответствие в пределах M нуклеотидов.
Значение по умолчанию 10.
-о
при печати результатов смещайте позиции nt в последовательности ДНК на эту величину.
Значение по умолчанию 0.
-q
штраф за несовпадение нуклеотидов.
Значение по умолчанию -5.
-Р
направление поиска
0: искать только в строке '+' (прямая)
1: ищите только строку '-'
2: ищите обе нити
Значение по умолчанию 2.
-р
награда за совпадение нуклеотидов.
Значение по умолчанию 1.
-S
сайт сращивания расширяет область поиска. При определении наилучшего положения стыка
сайта, СИБсим4 будет оценивать добавление не более этого количества вставок и удалений
на нити ДНК с каждой стороны соединения сплайсинга.
Значение по умолчанию 2.
-s
разделить балл в процентах. При связывании MSP, если две последовательные группы экзонов
выглядят так, как будто они могут быть частью двух разных копий одного и того же гена, они будут
быть протестированным, чтобы увидеть, соответствует ли оценка каждой отдельной группы лучшему общему
оценка больше этого значения. Если обе группы имеют относительный балл выше этого
порог они будут разделены.
Значение по умолчанию 75.
-W
размер слова.
Значение по умолчанию 12.
-ИКС
значение для завершающих расширений слов.
Значение по умолчанию 12.
Используйте SIBsim4 онлайн с помощью сервисов onworks.net
