Это приложение для Linux под названием NGSEP для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как NGSEPcore_4.0.1.jar. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием NGSEP, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
NGSEP для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
NGSEP - это интегрированная платформа для анализа данных высокопроизводительного секвенирования ДНК. Основное использование NGSEP - это построение и последующий анализ больших наборов данных о геномных вариациях. NGSEP выполняет точное обнаружение и генотипирование однонуклеотидных вариантов (SNV), малых и больших инделей, коротких тандемных повторов (STR), инверсий и вариантов числа копий (CNV). NGSEP также предоставляет модули для функциональной аннотации, фильтрации, преобразования формата, сравнения, кластеризации, вменения, анализа интрогрессии и различных видов статистики. Полный список функций доступен в нашей вики (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).НОВОСТИ: Мы только что сделали доступным первый выпуск версии 4 для командной строки, включая нашу собственную реализацию выравнивателя чтения на основе FM-индекса. Использование командной строки было стандартизировано для всего приложения. Пожалуйста, найдите время, чтобы обновить скрипты для обновления до этой новой версии. Более подробная информация доступна в вики.
Особенности
- Обнаружение SNP, CNV и структурных вариантов
- Согласование необработанных чтений с эталонным геномом
- Управление VCF: функциональная аннотация, слияние, фильтрация, сравнение, преобразование формата, вменение
- Расчет и построение статистики SAM / BAM и VCF
- Читает демультиплексирование
- Выравнивание аннотированных сборок генома
- Статистика и фильтрация аннотаций транскриптомов в формате GFF3
Аудитория
Здравоохранение, Наука / Исследования, Другая аудитория, Сельское хозяйство
Интерфейс пользователя
Java SWT, консоль / терминал, Eclipse
Язык программирования
Java
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
