Это приложение для Linux под названием iCAS - система сборки клонов Illumina для запуска в Linux онлайн, последний выпуск которого можно загрузить как icas_v062.tar.bz2. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием iCAS - система сборки клонов Illumina для запуска в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
iCAS - система сборки клонов Illumina для работы в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ:
Секвенирование клон за клоном, как средство достижения высококачественных сборок для больших и сложных геномов, по-прежнему имеет большое значение в эпоху высокопроизводительного секвенирования. Однако сборки, полученные с использованием современных сборщиков всего генома, часто фрагментированы и иногда имеют проблемы с полнотой генома из-за различных характеристик данных, вносимых мультиплексным секвенированием.В iCAS процесс фильтрации данных основан на новом частотном алгоритме Кмера, что обеспечивает почти идеальное считывание перед сборкой. Контиги генерируются с использованием разных алгоритмов сборки, а затем объединяются вместе для достижения большей непрерывности. Повторное выравнивание всех считываний с черновыми контигами и повторная калибровка каждой базы последовательности приводит к окончательному консенсусу. Используя готовые клоны для контроля качества, конвейер может получать сборки с охватом клонами 99.7% и согласованным базовым качеством Q39.
Разработано в Институте Сэнгера Wellcome Trust.
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Перл, С
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/icas/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.