นี่คือคำสั่ง Dane ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
dan - คำนวณอุณหภูมิหลอมเหลวของกรดนิวคลีอิก
เรื่องย่อ
แดน -ลำดับ ภาคต่อ -ขนาดหน้าต่าง จำนวนเต็ม -การเปลี่ยนแปลงทีละน้อย จำนวนเต็ม -dnaconc ลอย
-เกลือ ลอย [- สินค้า ข้อศอก] -ฟอร์มาไมด์ ลอย -ไม่ตรงกัน ลอย -ผลิตภัณฑ์ จำนวนเต็ม
[-เทอร์โม ข้อศอก] -อุณหภูมิ ลอย -อาร์น่า บูล -พล็อต ข้อศอก -mintemp ลอย
-กราฟ ไซกราฟ -outfile รายงาน
แดน -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
แดน เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ European Molecular Biology Open Software
ห้องชุด”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-ลำดับ ภาคต่อ
ต้อง ส่วน
-ขนาดหน้าต่าง จำนวนเต็ม
ค่าของจุดหลอมเหลวและคุณสมบัติทางอุณหพลศาสตร์อื่นๆ ของลำดับคือ
ถูกกำหนดโดยลำดับสั้น ๆ ที่เรียกว่าหน้าต่างและกำหนด
คุณสมบัติของลำดับในหน้าต่างนั้น หน้าต่างถูกย้ายทีละน้อยไปตาม
ลำดับด้วยคุณสมบัติที่คำนวณในแต่ละตำแหน่งใหม่ ค่าเริ่มต้น: 20
-การเปลี่ยนแปลงทีละน้อย จำนวนเต็ม
นี่คือจำนวนเงินที่หน้าต่างถูกย้ายในแต่ละส่วนเพิ่มขึ้นเพื่อค้นหา
จุดหลอมเหลวและคุณสมบัติอื่นๆ ตามลำดับ ค่าเริ่มต้น: 1
-dnaconc ลอย
ค่าเริ่มต้น: 50
-เกลือ ลอย
ค่าเริ่มต้น: 50
เพิ่มเติม ส่วน
ผลิตภัณฑ์ ตัวเลือก
- สินค้า ข้อศอก
ซึ่งจะแจ้งเปอร์เซ็นต์ฟอร์มาไมด์ เปอร์เซ็นต์ของการจับคู่ที่ไม่ตรงกัน และความยาวของผลิตภัณฑ์
-ฟอร์มาไมด์ ลอย
ระบุเปอร์เซ็นต์ฟอร์มาไมด์ที่จะใช้ในการคำนวณ (จะถูกละเว้นเว้นแต่
-สินค้าที่ใช้) ค่าเริ่มต้น: 0
-ไม่ตรงกัน ลอย
ระบุเปอร์เซ็นต์ที่ไม่ตรงกันที่จะใช้ในการคำนวณ (จะถูกละเว้นเว้นแต่
-สินค้าที่ใช้) ค่าเริ่มต้น: 0
-ผลิตภัณฑ์ จำนวนเต็ม
ระบุความยาวของผลิตภัณฑ์ที่จะใช้ในการคำนวณ (จะถูกละเว้นเว้นแต่
-สินค้าที่ใช้) ค่าเริ่มต้น: $(ขนาดหน้าต่าง)
อุณหพลศาสตร์ ตัวเลือก
-เทอร์โม ข้อศอก
ส่งออกค่า DeltaG, DeltaH และ DeltaS ของหน้าต่างลำดับไปยังข้อมูลเอาต์พุต
ไฟล์
-อุณหภูมิ ลอย
หากมีการระบุ -thermo ไว้ สิ่งนี้จะระบุอุณหภูมิที่จะ
คำนวณค่า DeltaG, DeltaH และ DeltaS ค่าเริ่มต้น: 25
ระดับสูง ส่วน
-อาร์น่า บูล
สิ่งนี้ระบุว่าลำดับนั้นเป็นลำดับ RNA และไม่ใช่ลำดับ DNA
เอาท์พุต ส่วน
-พล็อต ข้อศอก
หากไม่ได้ระบุไว้ ไฟล์ของข้อมูลเอาต์พุตจะถูกสร้างขึ้น มิฉะนั้นจะเป็นพล็อตของ
จุดหลอมเหลวตามลำดับจะเกิดขึ้น
-mintemp ลอย
ป้อนค่าต่ำสุดสำหรับมาตราส่วนอุณหภูมิ (แกน y) ของพล็อต ค่าเริ่มต้น:
55.
-กราฟ ไซกราฟ
-outfile รายงาน
หากไม่มีการสร้างพล็อต ข้อมูลเกี่ยวกับจุดหลอมเหลว ฯลฯ ในแต่ละหน้าต่าง
ตามลำดับจะถูกส่งออกไปยังไฟล์
ใช้ Dane ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net