นี่คือคำสั่ง macs2_predictd ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
macs2_predictd - การวิเคราะห์ตามแบบจำลองสำหรับการจัดลำดับ ChIP
DESCRIPTION
การใช้งาน: macs2 ทำนาย [-h] -i ไฟล์ [FILE ...]
[-f {อัตโนมัติ,BAM,SAM,BED,ELAND,ELANDMULTI,ELANDEXPORT,BOWTIE,BAMPE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [--bw BW] [-m MFOLD MFOLD] [--outdir OUTDIR] [--rfile RFILE]
[--เวอร์โบส VERBOSE]
ไม่จำเป็น ข้อโต้แย้ง:
-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-i ไฟล์ [IFILE ...], --ifile ไฟล์ [FILE ...]
ไฟล์การจัดตำแหน่ง ChIP-seq หากระบุไฟล์หลายไฟล์เป็น '-t AB C' ไฟล์เหล่านั้นจะ
ทั้งหมดจะถูกอ่านและรวมกัน โปรดทราบว่าข้อมูลปลายคู่ไม่ควรทำงานกับสิ่งนี้
สั่งการ. ที่จำเป็น.
-f {อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}, --รูปแบบ
{อัตโนมัติ, BAM, SAM, เตียง, ELAND, ELANDMULTI, ELANDEXPORT, BOWTIE, BAMPE}
รูปแบบของไฟล์แท็ก "AUTO" "BED" หรือ "ELAND" หรือ "ELANDMULTI" หรือ "ELANDEXPORT" หรือ
"แซม" หรือ "แบม" หรือ "โบว์ตี้" ตัวเลือก AUTO เริ่มต้นจะทำให้ MACS ตัดสินใจได้ว่าตัวไหน
ฟอร์แมตไฟล์เป็น . โปรดตรวจสอบคำจำกัดความในไฟล์ README หากคุณเลือก
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE ค่าเริ่มต้น: "อัตโนมัติ"
-g จีไซส์ --gsize ขนาด
ขนาดจีโนมที่มีประสิทธิภาพ อาจเป็น 1.0e+9 หรือ 1000000000 หรือทางลัด:'hs' สำหรับมนุษย์
(2.7e9), 'mm' สำหรับเมาส์ (1.87e9), 'ce' สำหรับ C. elegans (9e7) และ 'dm' สำหรับ fruitfly
(1.2e8) ค่าเริ่มต้น:hs
-s ทีไซส์ --tsize ทส
ขนาดแท็ก การดำเนินการนี้จะแทนที่ขนาดแท็กที่ตรวจพบโดยอัตโนมัติ ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้ตั้งค่า
--ว BW
ความกว้างของแถบสำหรับการเลือกพื้นที่เพื่อคำนวณขนาดชิ้นส่วน ใช้ค่านี้เท่านั้น
ขณะสร้างแบบจำลองขยับ ค่าเริ่มต้น: 300
-m เอ็มโฟลด์ เอ็มโฟลด์ --mfold เอ็มโฟลด์ เอ็มโฟลด์
เลือกภูมิภาคภายในช่วง MFOLD ของอัตราส่วนการตกแต่งที่มีความมั่นใจสูงเทียบกับ
พื้นหลังเพื่อสร้างแบบจำลอง ความสมบูรณ์ของพับในภูมิภาคต้องต่ำกว่าบน
ขีด จำกัด และสูงกว่าขีด จำกัด ล่าง ใช้เป็น "-m 10 30" ค่าเริ่มต้น:5 50
--นอก ภายนอก
หากระบุไฟล์เอาต์พุตทั้งหมดจะถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีนั้น ค่าเริ่มต้น: the
ไดเรกทอรีการทำงานปัจจุบัน
--ไฟล์ ไรเฟิล
PREFIX ของชื่อไฟล์ของสคริปต์ R สำหรับวาดรูป X-correlation ค่าเริ่มต้น: 'predictd'
และไฟล์ R จะถูกทำนาย_model.R
--รายละเอียด เวอร์โบส
กำหนดระดับของข้อความรันไทม์แบบละเอียด 0: แสดงเฉพาะข้อความสำคัญ, 1: แสดง
ข้อความเตือนเพิ่มเติม 2: แสดงข้อมูลกระบวนการ 3: แสดงข้อความแก้ไขข้อบกพร่อง
ค่าเริ่มต้น:2
ใช้ macs2_predictd ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net