mincstats - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

mincstats - คำนวณสถิติอย่างง่ายทั่ว voxels ของไฟล์ minc

เรื่องย่อ

มินสแตท [ ] .mnc

DESCRIPTION

มินสแตท จะคำนวณการวัดทางสถิติอย่างง่ายในทุก voxel ของไฟล์ minc
โปรดทราบว่าสิ่งเหล่านี้เป็นการวัดทางสถิติทั่วโลกและไม่ใช่การวัดแบบ voxel-by-voxel (ดู
mincaveage สำหรับการที่). โดยค่าเริ่มต้นสถิติทั้งหมดจะถูกคำนวณ หากสถิติใดเป็น
ร้องขอผ่านตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง จากนั้นจะพิมพ์เฉพาะสถิติที่ร้องขอเท่านั้น

คุณลักษณะที่มีประโยชน์มากของโปรแกรมนี้คือความสามารถในการจำกัดชุดของ voxels
รวมอยู่ในการคำนวณทางสถิติ โดยการจำกัดช่วงของค่าที่รวมไว้
หรือโดยใช้ไฟล์มาสก์ที่มีช่วงจำกัด หลายช่วงสำหรับไฟล์อินพุตหรือ
สามารถระบุไฟล์มาสก์ได้ สำหรับแต่ละช่วงของค่าปริมาตรรวม และสำหรับแต่ละช่วง
ของค่ามาสก์ สถิติที่เกี่ยวข้องจะถูกพิมพ์ออกมา (ค่า n*m โดยที่ n คือตัวเลข
ของช่วงปริมาตรและ m จำนวนช่วงมาสก์) การคำนวณเหล่านี้เสร็จสิ้นในเครื่องเดียว
ผ่านข้อมูล ดังนั้นการระบุหลายช่วงจึงเร็วกว่าการเรียกใช้
โปรแกรมซ้ำๆ สิ่งนี้มีประโยชน์มากเมื่อคำนวณค่าเฉลี่ยระดับภูมิภาคด้วย a
ปริมาณหน้ากาก VOI

ควรกล่าวถึงเป็นพิเศษในฮิสโตแกรมและมาตรการทางสถิติที่เกี่ยวข้อง NS
ช่วงเริ่มต้นของฮิสโตแกรมมาจากค่าที่น้อยที่สุดในไฟล์ไปจนถึงค่าสูงสุด ใน
ไม่ใช่เรื่องแปลก แต่พิเศษ กรณีที่จำนวนถังฮิสโตแกรมตรงกันทุกประการกับ
จำนวนค่าที่เป็นไปได้ในไฟล์ (เช่น 256 bins สำหรับข้อมูลไบต์แบบเต็มช่วง),
ฮิสโตแกรมอาจลงเอยด้วยคุณสมบัติแปลก ๆ บางอย่างเมื่อใช้ช่วงฮิสโตแกรมเริ่มต้น นี้
เกิดจากการแยกย่อยของข้อมูลที่แล้ว rebined เป็นเล็กน้อย
ฮิสแกรมไม่ตรงกัน สำหรับตัวอย่างข้อมูลไบต์ ค่าที่ควรใช้คือ 256
ถังขยะและช่วงฮิสโตแกรมที่ขยายครึ่งถังต่ำกว่าค่าที่น้อยที่สุดและครึ่งถัง
เหนือที่ใหญ่ที่สุด. ใช้ตัวเลือก -discrete_histogram เพื่อดำเนินการนี้โดยอัตโนมัติหรือใช้
-จำนวนเต็ม_ฮิสโตแกรม ให้มีถังความกว้างของหน่วยถ้าข้อมูลที่ป้อนเป็นจำนวนเต็มโดยเนื้อแท้
(เช่นข้อมูลฉลาก) โดยทั่วไปแล้ว เราควรระมัดระวังเกี่ยวกับการ rebinning of discretized
ข้อมูลไปยังฮิสโตแกรมที่มีขนาดถังขยะใกล้เคียงกับระดับการแยกส่วน

OPTIONS

โปรดทราบว่าตัวเลือกสามารถระบุในรูปแบบย่อได้ (ตราบใดที่ไม่ซ้ำกัน) และ
สามารถให้ที่ใดก็ได้บนบรรทัดคำสั่ง ลำดับการพิมพ์สถิติ
จะเหมือนกันเสมอโดยไม่คำนึงถึงหรือลำดับที่พวกเขาร้องขอบน
บรรทัดคำสั่ง

General ตัวเลือก

-ทุบ
เขียนทับไฟล์ที่มีอยู่

-Noclobber
อย่าเขียนทับไฟล์ที่มีอยู่ (ค่าเริ่มต้น)

-รายละเอียด
พิมพ์ข้อมูลเพิ่มเติม (มากกว่าค่าเริ่มต้น)

-เงียบ พิมพ์เฉพาะหมายเลขที่ต้องการ

-max_buffer_size_in_kb ขนาด
ระบุขนาดสูงสุดของบัฟเฟอร์ภายใน (เป็น kbytes) ค่าเริ่มต้นคือ 4 MB

โมฆะ ความคุ้มค่า ตัวเลือก

-ignore_nan
ยกเว้นค่าที่ไม่ถูกต้อง (นอกช่วงที่ถูกต้อง) จากการคำนวณทางสถิติ นี่คือ
ค่าเริ่มต้น

-include_nan
ถือว่าค่าที่ไม่ถูกต้องเป็นศูนย์และรวมไว้ในการคำนวณทางสถิติ

-แทนที่_nan ความคุ้มค่า
แทนที่ค่าที่ไม่ถูกต้องด้วยค่าที่ระบุและรวมค่าใหม่ไว้ใน
การคำนวณทางสถิติ

ปริมาณ พิสัย ตัวเลือก

- ชั้น min1,min2...
รายการขอบเขตล่างที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคสำหรับช่วงข้อมูลที่จะรวมไว้ในสถิติ
การคำนวณ

-เพดาน max1,max2...
รายการขอบเขตบนที่คั่นด้วยจุลภาคสำหรับช่วงข้อมูลที่จะรวมไว้ในสถิติ
การคำนวณ

-พิสัย min1,max1,min2,max2...
รายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคของขอบเขตล่างและบนสำหรับช่วงข้อมูลที่จะรวมใน
การคำนวณทางสถิติ

-binvalue val1,val2...
รายการค่าจำนวนเต็มคั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่จะรวมไว้ในการคำนวณทางสถิติ ช่วง
ของ +/- 0.5 ถูกกำหนดรอบแต่ละค่าที่ระบุ

- หน้ากาก ชื่อไฟล์.mnc
ชื่อไฟล์ที่จะใช้สำหรับปิดบังข้อมูลที่รวมอยู่ในการคำนวณทางสถิติ สำหรับ
เพื่อให้เกิดผลใด ๆ คุณต้องระบุช่วงมาสก์ด้วยสิ่งใดสิ่งหนึ่งต่อไปนี้
ตัวเลือก

-mask_floor min1,min2-
Like - ชั้นแต่นำไปใช้กับไฟล์มาสก์

-mask_ceil max1,max2...
Like -เพดานแต่นำไปใช้กับไฟล์มาสก์

-mask_range min1,max1,min2,max2...
Like -พิสัยแต่นำไปใช้กับไฟล์มาสก์

-mask_binvalue val1,val2...
Like -binvalueแต่นำไปใช้กับไฟล์มาสก์

Histogram ตัวเลือก

-ฮิสโตแกรม ชื่อไฟล์
ระบุชื่อไฟล์ที่จะเขียนฮิสโตแกรม ถ้าหลายช่วง
หรือกำหนดช่วงมาสก์ จากนั้นฮิสโตแกรมทั้งหมดจะถูกเขียนในไฟล์นี้
คั่นด้วยบรรทัดว่าง ข้อมูลที่อธิบายแต่ละฮิสโตแกรมจะถูกเขียนก่อน
ในบรรทัดที่ขึ้นต้นด้วยอักขระแฮช (ปอนด์) ไฟล์เหล่านี้สามารถโหลดได้
ลงใน gnuplot

-hist_bins จำนวนถังขยะ
ระบุจำนวนถังขยะในฮิสโตแกรม

-ถังขยะ จำนวนถังขยะ
คำพ้องความหมายสำหรับ -hist_bins.

-hist_floor นาที
ระบุขอบเขตล่างสำหรับฮิสโตแกรม

-hist_ceil แม็กซ์
ระบุขอบเขตบนสำหรับฮิสโตแกรม

-hist_range นาที แม็กซ์
ระบุช่วงสำหรับฮิสโตแกรม

-จำนวนเต็ม_ฮิสโตแกรม
สร้างถังขยะที่มีความกว้างของหน่วย โดยมีศูนย์กลางอยู่ที่ค่าจำนวนเต็ม สิ่งนี้มีประโยชน์สำหรับ
ข้อมูลจำนวนเต็ม เช่น ป้ายกำกับ ช่วงฮิสโตแกรมถูกปัดเศษเป็นจำนวนเต็มที่ใกล้เคียงที่สุด
ค่าต่ำสุดจะลดลงและค่าสูงสุดจะเพิ่มขึ้น 0.5 จำนวนถังขยะที่ใช้แล้ว
เป็นความแตกต่างของค่าทั้งสองนี้ โปรดทราบว่า 0.01 ถูกเพิ่มไปยังค่าต่ำสุดและ
หักออกจากค่าสูงสุดก่อนการปัดเศษเพื่อให้แน่ใจว่า a
ช่วงที่ระบุอย่างถูกต้อง (เช่น [0.5,255.5]) จะถูกรักษาไว้ หากคุณต้องการมี
ถังขยะจำนวนเต็มที่มีความกว้างมากกว่าหนึ่ง คุณจะต้องหาช่วงฮิสโตแกรม
และจำนวนถังขยะเองและไม่ใช้ตัวเลือกนี้

-discrete_histogram
พยายามจับคู่ฮิสโตแกรมกับการแยกข้อมูลอินพุต นี่คือ
เหมาะสำหรับข้อมูลต่อเนื่องที่เก็บในรูปแบบจำนวนเต็มและ
เมื่อต้องการความกว้างของถังขยะใกล้กับการแยกส่วน มันคล้ายกับ
-จำนวนเต็ม_ฮิสโตแกรมยกเว้นว่าช่วงฮิสโตแกรมจะถูกแปลงเป็น voxel . ก่อน
ค่าที่ปัดเศษและขยายครึ่งถังด้านใดด้านหนึ่ง voxel ใหม่นี้
จากนั้นช่วงจะถูกแปลงกลับเป็นค่าจริง จำนวนถังขยะถือเป็น
ความแตกต่างในช่วงค่า voxel โปรดทราบว่าสิ่งนี้ไม่ได้คำนึงถึงความผันแปร
ในการสเกลแบบแบ่งส่วน ดังนั้นเอฟเฟกต์ฮิสโตแกรมที่แปลกประหลาดจึงอาจเกิดขึ้นได้ ตัวเลือกนี้คือ
ตั้งใจจะให้มีพฤติกรรมคล้ายกับของ Volume_stats.

-int_max_bins จำนวนถังขยะ
ระบุฮิสโตแกรมที่ใหญ่ที่สุดที่สามารถปรับขนาดได้โดยอัตโนมัติตามด้านบน
ตัวเลือก. ขีดจำกัดป้องกันการสร้างฮิสโตแกรมขนาดใหญ่โดยไม่ได้ตั้งใจ ตัวเลือกนี้
แทนที่เก่า -max_bins ตัวเลือกใน MINC 1.1

ขั้นพื้นฐาน สถิติ

-ทั้งหมด คำนวณการวัดทางสถิติทั้งหมด นี่คือค่าเริ่มต้น

-ไม่มี คำพ้องความหมายสำหรับ -นับ (เพื่อความคล้ายคลึงกับ volume_stats) โปรดทราบว่าแม้ว่าจะเป็น
จำเป็นสำหรับ Volume_stats, ไม่จำเป็นในที่นี้ เนื่องจากการระบุสิ่งเหล่านี้
ตัวเลือกจะปิดโดยอัตโนมัติ -ทั้งหมด

-นับ นับจำนวนว็อกเซลที่อยู่ในช่วงและมาสก์

-ร้อยละ
พิมพ์เปอร์เซ็นต์ของว็อกเซลภายในช่วงและมาสก์

-ปริมาณ
พิมพ์ปริมาตรของ voxels ภายในช่วงและมาสก์ (ในหน่วย mm-cubed)

-นาที พิมพ์ค่าต่ำสุด

-สูงสุด พิมพ์ค่าสูงสุด

-ผลรวม พิมพ์ผลรวมของค่าทั้งหมด

-sum2 พิมพ์ผลรวมของกำลังสองของค่าทั้งหมด

- หมายถึง พิมพ์ค่าเฉลี่ย

-ความแปรปรวน
พิมพ์ผลต่าง

-stddev
พิมพ์ค่าเบี่ยงเบนมาตรฐาน

-ความเบ้
พิมพ์ตัวอย่างเบ้ (วินาทีที่ 3)

-ความโด่ง
พิมพ์ตัวอย่างความโด่ง (ตอนที่ 4) .

-คอม พิมพ์จุดศูนย์กลางมวล ทั้งพิกัดว็อกเซลและพิกัดโลกคือ
พิมพ์ พิกัด voxel ถูกพิมพ์ตามลำดับไฟล์ในขณะที่โลก
พิกัดจะพิมพ์ตามลำดับ x,y,z

- คอม คำพ้องความหมายสำหรับ -คอม.

-world_only
พิมพ์จุดศูนย์กลางมวลในพิกัดโลกเท่านั้น

Histogram สถิติ

โปรดทราบว่าสถิติฮิสโตแกรมมาจากการนับฮิสโตแกรมและbin .เท่านั้น
ศูนย์กลาง ดังนั้นผลลัพธ์เช่นค่ามัธยฐานจะไม่เหมือนกับค่าจริงของ .ทุกประการ
รวม voxels ทั้งหมด ตัวอย่างเช่น ข้อผิดพลาดที่ค่ามัธยฐานอาจมีขนาดใหญ่เท่ากับครึ่งถัง
ความกว้าง. นอกจากนี้ หากช่วงฮิสโตแกรมน้อยกว่าว็อกเซลที่รวมอยู่ ค่า
ผลลัพธ์จะใช้กับ voxels ที่รวมอยู่ในฮิสโตแกรมเท่านั้น

-hist_count
พิมพ์จำนวน voxels ในฮิสโตแกรม ซึ่งอาจจะแตกต่างจากจำนวน
รวมและปิดบัง voxels หากช่วงฮิสโตแกรมน้อยกว่าช่วงของ
รวมข้อมูล

-hist_percent
พิมพ์เปอร์เซ็นต์ของว็อกเซลที่รวมอยู่ในฮิสโตแกรม

-ค่ามัธยฐาน
พิมพ์ค่ามัธยฐานของฮิสโตแกรม

-ข้างมาก
พิมพ์ศูนย์ถังขยะ (ค่าความเข้ม) สำหรับถังที่มีการนับมากที่สุด

-biModalT
พิมพ์ธรณีประตูแบบไบโมดอลโดยแยกโวลุ่มออกเป็นสองคลาส ค่าดีฟอลต์คือ
เพื่อใช้วิธีโอสึ (ดูตัวเลือกด้านล่าง)

-โอสึ ใช้วิธีการที่อธิบายไว้ใน Otsu N "วิธีการเลือกเกณฑ์จากระดับสีเทา
ฮิสโตแกรม", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 to
คำนวณเกณฑ์

- ลูกแมว
ใช้อัลกอริธึม Kittler&Illingworth '86 ในการคำนวณหาค่าเกณฑ์สองมิติ
Kittler, J. & Illingworth J., "ขีดจำกัดข้อผิดพลาดขั้นต่ำ", การจดจำรูปแบบ,
เล่มที่ 19 หน้า 41-47, 1986.

-คาปูร์ ใช้ Kapur และคณะ '85 อัลกอริทึมในการคำนวณเกณฑ์ bimodal กาปูร์
Sahoo & Wong "วิธีการใหม่สำหรับการกำหนดเกณฑ์ภาพระดับสีเทาโดยใช้เอนโทรปีของ
ฮิสโตแกรม", Computer Vision, Graphics, and Image Processing, vol 29, pp
273 285-, 1985

ธรรมดา
ใช้อัลกอริธึมค่าเฉลี่ยอย่างง่ายในการคำนวณขีดจำกัดไบโมดอล นี่คือมากกว่า
มีราคาแพงกว่าทางเลือกอื่น ๆ และดูเหมือนจะไม่ทำ
งานที่ดี แต่ดูเหมือนว่าจะแข็งแกร่งกว่าวิธีอื่นๆ บางวิธี

-pctT พิมพ์เกณฑ์ที่จำเป็นสำหรับเปอร์เซ็นต์วิกฤตเฉพาะของฮิสโตแกรม

-เอนโทรปี
พิมพ์เอนโทรปีแชนนอน

H(x) = - ผลรวม(P(i) * log2(P(i))

โดยที่ P(i) คือความน่าจะเป็นของถัง

ทั่วไป ตัวเลือก for ทั้งหมด คำสั่ง:

-ช่วยด้วย พิมพ์สรุปตัวเลือกบรรทัดคำสั่งและออก

-version
พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันของโปรแกรมและออก

ใช้ mincstats ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net