นี่คือคำสั่ง mipe2dbSTS ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
mipe2dbSTS.pl - สร้างไฟล์อินพุตเพื่อส่งไปยัง dbSTS
รวมอยู่ในผลลัพธ์: ส่วน STS ของการส่ง dbSTS
ตาม MIPE เวอร์ชัน v1.1
อาร์กิวเมนต์: * mipe_file
* ไฟล์ปรับแต่ง
* (ไม่บังคับ) รายการ PCR IDs
ไฟล์ปรับแต่งประกอบด้วยบรรทัดที่มีคีย์และค่า โดยคั่นด้วยเครื่องหมายเท่ากับ ('=')
คีย์ประกอบด้วยชื่อตัวพิมพ์เล็กของไฟล์ส่ง NCBI (ดูเว็บไซต์ dbSTS) ตามด้วย
ขีดล่างและชื่อตัวพิมพ์เล็กของฟิลด์ในไฟล์นั้น
ควรกำหนดฟิลด์ต่อไปนี้ในไฟล์ปรับแต่ง:
pub_title=
pub_authors=
source_name=
แหล่งที่มา_ออร์แกนิก=
con_name=
con_fax=
con_tel=
con_email=
con_lab=
con_inst=
con_addr=
protocol_name=
protocol_protocol=
buffer_name=
buffer_buffer=
sts_pcr_profile=
สำหรับ protocol_protocol, buffer_buffer และ sts_pcr_profile จำเป็นต้องมีบรรทัดเพิ่มเติม (ดูตัวอย่าง)
ตัวอย่างของไฟล์ปรับแต่งมีลักษณะดังนี้:
pub_title=การทำแผนที่ทางพันธุกรรมของไก่ SNPs
pub_authors=Aerts,JA; วีเนนดาล, ต.; ครอยจ์มันส์,RPMA; โกรเนน,MAM
source_name=DNA จีโนมไก่
source_organism=กางเกงชั้นใน
cont_name=แจน แอร์ท
cont_fax=+31 317 483929
cont_tel=+31 317 483397
con_email=jan.aerts@wur.nl
cont_lab=กลุ่มเพาะพันธุ์สัตว์และจีโนม
cont_inst=มหาวิทยาลัยวาเกนนิงเงน
cont_addr=PO Box 338, 6700 AH Wageningen, เนเธอร์แลนด์
protocol_name=โปรโตคอล_Aerts
protocol_protocol=แม่แบบ: 30-60 ng
protocol_protocol=ไพรเมอร์: แต่ละ 4 uM
protocol_protocol=dNTPs: แต่ละ 200 uM
protocol_protocol=Taq: 0.3 หน่วย
protocol_protocol=ปริมาตร: 12 ul
buffer_name=บัฟเฟอร์_Aerts
buffer_buffer=MgCl2: 1.5 มิลลิโมลาร์
buffer_buffer=(NH4)2SO4: 20 มิลลิโมลาร์
buffer_buffer=ทริส-HCl: 75 mM
buffer_buffer=ทวี 20: 0.01% (w/v)
buffer_buffer=ค่า pH: 8.8
ใช้ mipe2dbSTS ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net