xml2dsr - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

xml2dsr - แปลงไฟล์ DICOM SR และชุดข้อมูลเป็น XML

เรื่องย่อ

xml2dsr [ตัวเลือก] xmlfile-in dsrfile-out

DESCRIPTION

พื้นที่ xml2dsr ยูทิลิตีแปลงเนื้อหาของเอกสาร XML (Extensible Markup Language)
เป็นรูปแบบ DICOM Structured Reporting (SR) (รูปแบบไฟล์หรือชุดข้อมูลดิบ) XML Schema
dsr2xml.xsd ยังไม่เป็นไปตามรูปแบบมาตรฐานใดๆ อย่างไรก็ตาม xml2dsr ใบสมัคร
อาจจะปรับปรุงในด้านนี้ต่อไปในอนาคต (เช่น โดยสนับสนุน HL7/CDA - Clinical
สถาปัตยกรรมเอกสาร).

ไฟล์ XML ที่เหมาะสมสามารถสร้างได้โดยใช้คำสั่ง dsr2xml เครื่องมือ (ตัวเลือก +Xn แนะนำให้
เพิ่มการประกาศเนมสเปซ XML ให้กับองค์ประกอบรูท)

พารามิเตอร์

xmlfile-in ชื่อไฟล์อินพุต XML ที่จะแปลง (stdin: "-")

dsrfile-out ชื่อไฟล์เอาต์พุต DICOM SR

OPTIONS

ทั่วไป ตัวเลือก
-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้และออก

--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออก

--ข้อโต้แย้ง
พิมพ์อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่ขยาย

-q --เงียบ
โหมดเงียบพิมพ์ไม่มีคำเตือนและข้อผิดพลาด

-v -- verbose
โหมด verbose รายละเอียดการประมวลผลการพิมพ์

-d --debug
โหมดดีบัก พิมพ์ข้อมูลการดีบัก

-ll --log-level [l]evel: ค่าคงที่สตริง
(ร้ายแรง, ผิดพลาด, เตือน, ข้อมูล, ดีบัก, ติดตาม)
ใช้ระดับ l สำหรับคนตัดไม้

-lc --log-config [f] ชื่อไฟล์: สตริง
ใช้ config file f สำหรับ logger

อินพุต ตัวเลือก
การเข้ารหัส:

+อี --แม่แบบ-ซองจดหมาย
องค์ประกอบเทมเพลตล้อมรอบรายการเนื้อหา

การประมวลผล ตัวเลือก
การตรวจสอบ:

+Vs --validate-สคีมา
ตรวจสอบเอกสาร XML กับ Schema
(ไม่ใช่ด้วย --template-envelope)

# ต้องการ libxml เพื่อคอมไพล์ด้วย XML Schema support

+Vn --ตรวจสอบเนมสเปซ
ตรวจสอบเนมสเปซ XML ในรูทเอกสาร

ตัวระบุที่ไม่ซ้ำ:

+Ug --generate-new-uid
สร้าง UID อินสแตนซ์การศึกษา/ซีรีส์/SOP ใหม่

-Uo --dont-overwrite-uid
อย่าเขียนทับ UID ที่มีอยู่ (ค่าเริ่มต้น)

+Uo --overwrite-uid
เขียนทับ UID ที่มีอยู่

เอาท์พุต ตัวเลือก
รูปแบบไฟล์ที่ส่งออก:

+F --write-ไฟล์
เขียนรูปแบบไฟล์ (ค่าเริ่มต้น)

-F -- ชุดข้อมูลเขียน
เขียนชุดข้อมูลโดยไม่มีข้อมูลเมตาของไฟล์

ไวยากรณ์การถ่ายโอนเอาต์พุต:

+t= --write-xfer-เหมือนกัน
เขียนด้วย TS เดียวกันกับอินพุต (ค่าเริ่มต้น)

+te --write-xfer-ลิตเติ้ล
เขียนด้วย VR little endian TS . ที่ชัดเจน

+tb --write-xfer-ใหญ่
เขียนด้วย VR big endian TS . ที่ชัดเจน

+ti --write-xfer-โดยนัย
เขียนโดยปริยาย VR endian TS

+td --write-xfer-กิ่ว
เขียนด้วย VR little endian TS . กิ่วที่ชัดเจน

การแสดงมูลค่าหลังปี 1993:

+u --เปิดใช้งาน-ใหม่-vr
เปิดใช้งานการรองรับ VR ใหม่ (UN/UT) (ค่าเริ่มต้น)

-u --disable-ใหม่-vr
ปิดการรองรับ VR ใหม่ แปลงเป็น OB

การเข้ารหัสความยาวกลุ่ม:

+g= --กลุ่มความยาว-คำนวณใหม่
คำนวณความยาวของกลุ่มใหม่ หากมี (ค่าเริ่มต้น)

+g --group-ความยาว-สร้าง
เขียนด้วยองค์ประกอบความยาวกลุ่มเสมอ

-g --group-ความยาว-ลบ
เขียนโดยไม่มีองค์ประกอบความยาวของกลุ่มเสมอ

การเข้ารหัสความยาวตามลำดับและรายการ:

+e --ความยาวที่ชัดเจน
เขียนด้วยความยาวที่ชัดเจน (ค่าเริ่มต้น)

-e -- ความยาวไม่ได้กำหนด
เขียนด้วยความยาวไม่ได้กำหนด

ชุดข้อมูลต่อท้ายชุดข้อมูล (ไม่ใช่ด้วย --write-dataset):

-p= --padding-รักษา
อย่าเปลี่ยนช่องว่างภายใน (ค่าเริ่มต้นถ้าไม่ใช่ --write-dataset)

-p --padding-ปิด
ไม่มีช่องว่างภายใน (โดยปริยาย if --write-dataset)

+p --padding-create [f]ile-pad [i]tem-pad: จำนวนเต็ม
จัดไฟล์บนหลาย f ไบต์
และรายการในหลาย ๆ ไบต์

ยุบระดับการบีบอัด (เฉพาะกับ --write-xfer-deflate):

+cl --compression-level [l]evel: integer (ค่าเริ่มต้น: 6)
0=ไม่บีบอัด 1=เร็วที่สุด 9=บีบอัดดีที่สุด

หมายเหตุ

ไดคอม สอดคล้อง
พื้นที่ xml2dsr ยูทิลิตีรองรับคลาส SOP ต่อไปนี้:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
ข้อความพื้นฐานSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
SRStorage ที่ปรับปรุงแล้ว 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ครอบคลุมSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
ครอบคลุม3DSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ขั้นตอนLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
แมมโมแกรมCADSRSการจัดเก็บ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSที่เก็บข้อมูล 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
เภสัชรังสีปริมาณรังสีSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSการจัดเก็บ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

โปรดทราบว่าขณะนี้รองรับเฉพาะแอตทริบิวต์บังคับและแอตทริบิวต์ที่ไม่บังคับบางส่วนเท่านั้น

คาแรคเตอร์ การเข้ารหัส
การเข้ารหัสอักขระ DICOM ถูกกำหนดโดยอัตโนมัติจากองค์ประกอบที่มีแท็ก
'0008,0005' (ชุดอักขระเฉพาะ) - ถ้ามี ชุดอักขระต่อไปนี้คือ
รองรับในปัจจุบัน (requires libxml ที่จะรวม iconv สนับสนุนดู --รุ่น เอาท์พุท):

แอสกี (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO ละติน 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO ละติน 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO ละติน 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO ละติน 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO ละติน 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
ซิริลลิก "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
ภาษาอาหรับ "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
ภาษากรีก "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
ภาษาฮิบรู "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

ไม่รองรับชุดอักขระหลายชุด (เฉพาะค่าแรกของ 'Specific Character .)
Set' ใช้สำหรับการเข้ารหัสอักขระในกรณีที่มีค่าหลายหลาก)

การอัด
หาก libxml ถูกคอมไพล์ด้วยการสนับสนุน zlib ไฟล์อินพุต (xmlfile-ใน) ก็ได้
บีบอัดด้วย ZIP ซึ่งมักจะส่งผลให้ไฟล์มีขนาดเล็กกว่ามาก ดูผลลัพธ์ของตัวเลือก
--รุ่น เพื่อตรวจสอบว่ามีการรองรับ zlib หรือไม่

ข้อ จำกัด
XML Schema dsr2xml.xsd ไม่รองรับทุกรูปแบบของ dsr2xml รูปแบบเอาต์พุต
อย่างไรก็ตาม รูปแบบเอาต์พุตเริ่มต้น (บวก option --use-xml-เนมสเปซ) ควรทำงาน.

libxml เวอร์ชันต่างๆ ดูเหมือนจะมีข้อ จำกัด ที่แตกต่างกันสำหรับความยาวสูงสุดของan
ค่าองค์ประกอบ XML ดังนั้นจึงควรหลีกเลี่ยงการใช้ค่าองค์ประกอบที่ยาวมาก NS
ขีดจำกัดทั่วไปสำหรับ libxml เวอร์ชัน 2.7.3 (และสูงกว่า) คือ 10 MB สำหรับค่าองค์ประกอบเดียว

เข้าสู่ระบบ

ระดับของการบันทึกเอาต์พุตของเครื่องมือบรรทัดคำสั่งต่างๆ และไลบรารีพื้นฐานสามารถ
ถูกกำหนดโดยผู้ใช้ โดยค่าเริ่มต้น เฉพาะข้อผิดพลาดและคำเตือนเท่านั้นที่จะถูกเขียนลงในมาตรฐาน
กระแสข้อผิดพลาด การใช้ตัวเลือก --รายละเอียด ข้อความที่ให้ข้อมูลเช่นรายละเอียดการประมวลผล
มีการรายงาน ตัวเลือก --debug สามารถใช้เพื่อรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับกิจกรรมภายใน
เช่นเพื่อจุดประสงค์ในการดีบัก ระดับการบันทึกอื่น ๆ สามารถเลือกได้โดยใช้ตัวเลือก --บันทึก-
ระดับ. ใน --เงียบ โหมดรายงานข้อผิดพลาดร้ายแรงเท่านั้น ในเหตุการณ์ข้อผิดพลาดร้ายแรงเช่นนี้
แอปพลิเคชันมักจะสิ้นสุด สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับระดับการบันทึกต่างๆ
ดูเอกสารประกอบของโมดูล 'oflog'

ในกรณีที่ควรเขียนเอาต์พุตการบันทึกลงในไฟล์ (เลือกได้ด้วยการหมุนไฟล์บันทึก)
ไปยัง syslog (Unix) หรือตัวเลือกบันทึกเหตุการณ์ (Windows) --log-config.php สามารถใช้ได้. นี้
ไฟล์การกำหนดค่ายังอนุญาตให้ส่งเฉพาะข้อความบางข้อความไปยังเอาต์พุตเฉพาะ
สตรีมและสำหรับการกรองข้อความบางข้อความตามโมดูลหรือแอปพลิเคชันที่พวกเขา
ถูกสร้างขึ้น ไฟล์การกำหนดค่าตัวอย่างมีให้ใน /logger.cfg.

คำสั่ง สาย

เครื่องมือบรรทัดคำสั่งทั้งหมดใช้สัญกรณ์ต่อไปนี้สำหรับพารามิเตอร์: วงเล็บเหลี่ยมล้อมรอบ
ค่าทางเลือก (0-1) จุดต่อท้ายสามจุดระบุว่าอนุญาตให้ใช้ค่าได้หลายค่า
(1-n) การรวมกันของทั้งสองหมายถึงค่า 0 ถึง n

ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งแตกต่างจากพารามิเตอร์ด้วยเครื่องหมาย '+' หรือ '-' นำหน้า
ตามลำดับ โดยปกติ ลำดับและตำแหน่งของตัวเลือกบรรทัดคำสั่งจะเป็นไปตามอำเภอใจ (เช่น พวกเขา
สามารถปรากฏได้ทุกที่) อย่างไรก็ตาม ถ้าตัวเลือกต่าง ๆ กัน มีลักษณะขวาสุด
ถูกนำมาใช้. ลักษณะการทำงานนี้สอดคล้องกับกฎการประเมินมาตรฐานของเชลล์ Unix ทั่วไป

นอกจากนี้ ไฟล์คำสั่งหนึ่งไฟล์ขึ้นไปสามารถระบุได้โดยใช้เครื่องหมาย '@' เป็นคำนำหน้าถึง
ชื่อไฟล์ (เช่น @command.txt). อาร์กิวเมนต์คำสั่งดังกล่าวจะถูกแทนที่ด้วยเนื้อหาของ
ไฟล์ข้อความที่เกี่ยวข้อง (ช่องว่างหลายช่องถือเป็นตัวคั่นเดียว เว้นแต่
ปรากฏขึ้นระหว่างเครื่องหมายคำพูดสองเครื่องหมาย) ก่อนการประเมินเพิ่มเติม โปรดทราบว่า
ไฟล์คำสั่งไม่สามารถมีไฟล์คำสั่งอื่นได้ วิธีง่ายๆ แต่ได้ผล
อนุญาตให้สรุปการรวมตัวเลือก/พารามิเตอร์ร่วมกัน และหลีกเลี่ยงความยาวและ
บรรทัดคำสั่งที่สับสน (ตัวอย่างมีให้ในไฟล์ /dumppat.txt).

และพวกเรา

พื้นที่ xml2dsr ยูทิลิตีจะพยายามโหลดพจนานุกรมข้อมูล DICOM ที่ระบุใน
DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม โดยค่าเริ่มต้น เช่น ถ้า DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม
ไม่ได้ตั้งค่าไฟล์ /dicom.dic จะถูกโหลดเว้นแต่พจนานุกรมจะถูกสร้างขึ้น
ลงในแอปพลิเคชัน (ค่าเริ่มต้นสำหรับ Windows)

ควรเลือกใช้พฤติกรรมเริ่มต้นและ DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อมเท่านั้น
ใช้เมื่อต้องการพจนานุกรมข้อมูลสำรอง NS DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม
มีรูปแบบเดียวกับ Unix shell เส้นทาง ตัวแปรในเครื่องหมายทวิภาค (':') คั่น
รายการ. บนระบบ Windows เครื่องหมายอัฒภาค (';') ถูกใช้เป็นตัวคั่น พจนานุกรมข้อมูล
รหัสจะพยายามโหลดแต่ละไฟล์ที่ระบุใน DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม มัน
เป็นข้อผิดพลาดหากไม่สามารถโหลดพจนานุกรมข้อมูลได้

ใช้ xml2dsr ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net