นี่คือแอป Linux ชื่อ iCAS - An Illumina Clone Assembly System เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ ซึ่งสามารถดาวน์โหลดรีลีสล่าสุดเป็น icas_v062.tar.bz2 สามารถเรียกใช้ออนไลน์ใน OnWorks ผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีสำหรับเวิร์กสเตชัน
ดาวน์โหลดและเรียกใช้แอปนี้ออนไลน์ชื่อ iCAS - An Illumina Clone Assembly System เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์ด้วย OnWorks ฟรี
ทำตามคำแนะนำเหล่านี้เพื่อเรียกใช้แอปนี้:
- 1. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่นนี้ในพีซีของคุณ
- 2. เข้าไปที่ file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX ด้วยชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 3. อัปโหลดแอปพลิเคชันนี้ในตัวจัดการไฟล์ดังกล่าว
- 4. เริ่มโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ OnWorks Linux หรือ Windows ออนไลน์ หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ MACOS จากเว็บไซต์นี้
- 5. จาก OnWorks Linux OS คุณเพิ่งเริ่มต้น ไปที่ตัวจัดการไฟล์ของเรา https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX พร้อมชื่อผู้ใช้ที่คุณต้องการ
- 6. ดาวน์โหลดแอปพลิเคชั่น ติดตั้ง และเรียกใช้
iCAS - ระบบ Illumina Clone Assembly เพื่อทำงานใน Linux ออนไลน์
รายละเอียด:
การจัดลำดับแบบโคลนต่อโคลน ซึ่งเป็นวิธีการบรรลุชุดประกอบคุณภาพสูงสำหรับจีโนมขนาดใหญ่และซับซ้อน ยังคงมีความเกี่ยวข้องอย่างมากในยุคของการจัดลำดับปริมาณงานสูง อย่างไรก็ตาม แอสเซมบลีที่ได้รับโดยใช้แอสเซมเบลอร์ของจีโนมทั้งหมดในปัจจุบันมักถูกแยกส่วน และบางครั้งมีปัญหาเกี่ยวกับความสมบูรณ์ของจีโนมอันเนื่องมาจากลักษณะข้อมูลที่แตกต่างกันซึ่งนำมาใช้โดยการจัดลำดับแบบมัลติเพล็กซ์ด้วย iCAS กระบวนการกรองข้อมูลจะขึ้นอยู่กับอัลกอริธึมความถี่ kmer แบบใหม่ ส่งผลให้มีการอ่านค่าก่อนการประกอบที่สมบูรณ์แบบที่สุด Contigs ถูกสร้างขึ้นโดยใช้อัลกอริธึมการประกอบที่แตกต่างกัน จากนั้นจึงรวมเข้าด้วยกันเพื่อให้เกิดความต่อเนื่องที่ยาวนานขึ้น การจัดตำแหน่งการอ่านทั้งหมดกลับไปที่ส่วนต่อร่างแบบร่างและการปรับเทียบแต่ละฐานของลำดับใหม่จะทำให้เกิดฉันทามติในขั้นสุดท้าย การใช้โคลนที่เสร็จสิ้นแล้วสำหรับ QC ไปป์ไลน์สามารถรับแอสเซมบลีที่มีความครอบคลุมของโคลน 99.7% และคุณภาพพื้นฐานที่เป็นเอกฉันท์ของ Q39
พัฒนาขึ้นที่สถาบัน Wellcome Trust Sanger
ผู้ชม
วิทยาศาสตร์/การวิจัย
ภาษาโปรแกรม
เพิร์ล, ซี
นี่คือแอปพลิเคชันที่สามารถดึงข้อมูลจาก https://sourceforge.net/projects/icas/ มีการโฮสต์ใน OnWorks เพื่อให้ทำงานออนไลน์ในวิธีที่ง่ายที่สุดจากหนึ่งในระบบปฏิบัติการฟรีของเรา