Ito ang command allversusalle na maaaring patakbuhin sa OnWorks na libreng hosting provider gamit ang isa sa aming maramihang libreng online na workstation gaya ng Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator o MAC OS online emulator
PROGRAMA:
NAME
allversusall - Sequence similarity data mula sa all-versus-all na paghahambing.
SINOPSIS
allversusall -seqinpath dirlist [-matrix matrixf] [-gapopen lumutang] [-gapextend lumutang]
-datoutdir labas -logfile outfile
allversusall -tulong
DESCRIPTION
allversusall ay isang command line program mula sa EMBOSS (“ang European Molecular Biology Open
Software Suite”). Ito ay bahagi ng (mga) command group na "Utils:Database creation."
Opsyon
input seksyon
-seqinpath dirlist
Default na halaga: ./
-matrix matrixf
Tinutukoy ng opsyong ito ang residue substitution matrix na ginagamit para sa sequence
paghahambing. Default na halaga: EBLOSUM62
Kailangan seksyon
karagdagan seksyon
-gapopen lumutang
Tinutukoy ng opsyong ito ang parusa sa pagpapasok ng gap. Ang parusa sa pagpasok ng gap ay ang
inalis ang marka kapag nalikha ang isang puwang. Ang pinakamahusay na halaga ay depende sa pagpili ng
paghahambing matrix. Ipinapalagay ng default na halaga na ginagamit mo ang EBLOSUM62 matrix para sa
protina sequence, at ang EDNAFULL matrix para sa nucleotide sequence. Default na halaga: 10
-gapextend lumutang
Tinutukoy ng opsyong ito ang parusa sa extension ng gap. Ang extension ng gap, ang parusa ay idinagdag
sa standard gap penalty para sa bawat base o residue sa gap. Ganito katagal ang gaps
ay pinarusahan. Kadalasan ay aasahan mo ang ilang mahabang gaps kaysa sa maraming maikling gaps, kaya
ang parusa sa pagpapalawig ng gap ay dapat na mas mababa kaysa sa parusa ng gap. Ang isang pagbubukod ay kung saan
isa o pareho ang mga sequence ay mga single read na may posibleng sequencing error kung saan
aasahan mong maraming solong base gaps. Makukuha mo ang resultang ito sa pamamagitan ng pagtatakda ng gap
bukas na parusa sa zero (o napakababa) at gamit ang parusa sa extension ng gap para kontrolin ang gap
pagmamarka. Default na halaga: 0.5
Pagbubuhos seksyon
-datoutdir labas
Tinutukoy ng opsyong ito ang lokasyon ng mga file ng data ng pagkakapareho ng pagkakasunud-sunod (output). Default
halaga: ./
-logfile outfile
Tinutukoy ng opsyong ito ang pangalan ng ALLVERSUSALL log file (output). Ang log file
naglalaman ng mga mensahe tungkol sa anumang mga error na lumabas habang tumatakbo ang ALLVERSUSALL. Default na halaga:
allversusall.log
Gamitin ang allversusalle online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net