fsl - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

fsl - mga tool sa pagsusuri para sa FMRI, MRI at DTI brain imaging

DESCRIPTION

FSL ay isang komprehensibong toolkit para sa pagsusuri ng data ng medikal na brain imaging. Ito
nagbibigay ng mga tool para sa data preprocessing, brain extraction, image registration pati na rin ang a
malawak na spectrum ng mga istatistikal na pagsusuri. FSL nagbibigay ng madaling gamitin na GUI.

FSL nangangailangan ng isang bilang ng mga variable ng kapaligiran upang maitakda nang maayos. Upang makamit ito,
paki source ang config script mula sa /etc/fsl/5.0/fsl.sh. Isang paraan para gawin ito
awtomatikong ay upang magdagdag ng isang linya na naglalaman ng

. /etc/fsl/5.0/fsl.sh

sa .bashrc file sa isang home directory ng mga user (o isang kaukulang file para sa iba pang shell
kaysa sa bash). Maaaring kailanganin mo munang gumawa ng ganoong file.

Bilang kahalili, ang pakete ng Debian ay nag-i-install ng mga symlink para sa lahat ng mga tool sa FSL / usr / bin na
ingatan ang awtomatikong paglo-load ng naaangkop na configuration. Ang mga pangalan ng symlink ay
prefixed na may kaukulang FSL bersyon upang maiwasan ang mga salungatan sa filename at payagan
maramihang bersyon na magkakasamang mabuhay sa parehong sistema. Halimbawa, ang slicer utos ay
magagamit bilang fsl5.0-slicer. Mangyaring tandaan na para sa paggamit FSL mga tool sa pamamagitan ng mga symlink na ito
hindi kinakailangan upang maisagawa ang pamamaraan ng pag-setup na inilarawan sa itaas. Gayunpaman, ang kaginhawaan na ito
Ang tampok ay partikular sa Debian. Mga script na gumagamit ng mga FSL command at nilayon na ibahagi
sa iba ay dapat umasa sa hindi naka-prefix na mga pangalan ng command at sa FSL environment variable
setup.

Ang FSL user interface minsan ay tumutukoy sa isang FSLDIR. Sa mga sistema ng Debian ito ay
/usr/share/fsl/5.0 para sa FSL na bersyon 5.0.

FSL dokumentasyon at online na tulong ay ibinibigay ng fsl-5.0-doc Pakete.

Mga tanong tungkol sa paggamit ng FSL o kaugnay na teorya ay maaaring ipaskil sa FSL mailing
listahan (Tingnan ang http://www.jiscmail.ac.uk/lists/fsl.html).

PARALELISASYON

Maaaring i-configure ang FSL para magsumite ng mga trabaho sa tumatakbong Sun Gridengine (SGE). Habang hindi lahat
Ang functionality na ipinatupad sa FSL ay sumusuporta sa ganitong uri ng parallelization, ang pinaka-hinihingi
mga tool sa pagpoproseso (hal. POSSUM at FDT).

Dapat ay magagamit ng FSL ang SGE kahit na ang SGE_ROOT environment variable ay hindi nakatakda, gaya ng sa
ang kaso ng Debian package ng SGE. Upang paganahin ang pagpoproseso ng batch itakda lamang

FSLPARALLEL=1

sa shell kung saan tumatakbo ang FSL. Maaari itong permanenteng paganahin sa

/etc/fsl/5.0/fsl.sh

o sa isang case by case basis.

Gumamit ng fsl online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net