LAdump - Online sa Cloud

PROGRAMA:

NAME

LAdump - ipakita ang mga lokal na alignment ng daligner sa isang simpleng format

SINOPSIS

LAdump [-cdt] [-o] src1:db|dam [ src2:db|dam ] align:las [ mababasa ang:FILE | reads: hanay ... ]

DESCRIPTION

katulad LAshowNa (1), LAdump nagbibigay-daan sa isa na ipakita ang mga lokal na pagkakahanay (LA) ng isang subset ng
piles sa isang .las file at piliin kung aling impormasyon ang ipapakita tungkol sa kanila. Ang pagkakaiba ay
na ang impormasyon ay nakasulat sa isang napakasimpleng "1-code" na format ng ASCII na nagpapadali
para mabasa at mai-parse ng isa ang impormasyon para sa karagdagang paggamit. Para sa bawat LA ang pares ng mga nabasa
ay output sa isang linya. -c humihiling na isa pang ilabas ang mga coordinate ng LA
maging output ang mga segment. Ang -d hinihiling ng opsyon na ang bilang ng pagkakaiba sa LA ay
output, at -t humihiling na ang tracepoint na impormasyon ay maging output. Sa wakas, -o kahilingan
na tanging mga LA na wastong magkakapatong ang magiging output.

Ang format ay napaka-simple. Ang bawat hiniling na piraso ng impormasyon ay nangyayari sa isang linya. Ang
ang unang character ng bawat linya ay isang "1-code" na character na nagsasabi sa iyo kung saan ang impormasyon
asahan sa linya. Ang natitirang bahagi ng linya ay naglalaman ng impormasyon kung nasaan ang bawat item
pinaghihiwalay ng isang blangkong espasyo. Ang linya ng trace point ay nagbibigay ng bilang ng trace point
mga pagitan sa LA at agad na sinusundan ng maraming linya na naglalaman ng isang pares ng
integer na nagbibigay ng # ng mga pagkakaiba at b-displacement sa bawat sunud-sunod na trace point
agwat

P #a #b - (#a,#b) ay may LA sa pagitan nila
C #ab #ae #bb #be - [#ab,#ae] ay nakahanay sa [#bb,#be]
D # - mayroong # pagkakaiba sa LA
T #n - may #n trace point interval para sa LA
(#d #y )^#n - mayroong #d pagkakaiba na inihahanay ang #y bp ng B sa
susunod na fixed-size na pagitan ng A
+ X # - Kabuuang halaga ng X (X = P o T)
% X # - Pinakamataas na halaga ng X sa anumang pile (X = P o T)
@ T # - Pinakamataas na bilang ng mga trace point sa anumang trace

Ang mga linya ng 1-code na nagsisimula sa +, %, o @ ay palaging ang mga unang linya sa output. sila
magbigay ng laki ng impormasyon tungkol sa kung ano ang nilalaman sa output. Sa partikular, ang '+ X #' ay nagbibigay
ang kabuuang bilang ng mga LA (X=P), o ang kabuuang bilang ng mga agwat ng trace point (X=T) sa
file . Ang '% X #' ay nagbibigay ng maximum na bilang ng mga LA (X=P) o ang maximum na bilang ng trace point
mga pagitan (X=T) sa isang ibinigay tumpok (koleksyon ng lahat ng LA na may parehong a-read (nalalapat lamang
to sorted Sa wakas @ T # ay nagbibigay ng maximum na # ng trace point interval sa anumang trace sa loob
ang file

Gamitin ang LAdump online gamit ang mga serbisyo ng onworks.net