Ito ang Linux app na pinangalanang NGSEP na tatakbo sa Linux online na ang pinakabagong release ay maaaring ma-download bilang NGSEPcore_4.0.1.jar. Maaari itong patakbuhin online sa libreng hosting provider na OnWorks para sa mga workstation.
I-download at patakbuhin online ang app na ito na pinangalanang NGSEP upang tumakbo sa Linux online gamit ang OnWorks nang libre.
Sundin ang mga tagubiling ito upang patakbuhin ang app na ito:
- 1. Na-download ang application na ito sa iyong PC.
- 2. Ipasok sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX kasama ang username na gusto mo.
- 3. I-upload ang application na ito sa naturang filemanager.
- 4. Simulan ang OnWorks Linux online o Windows online emulator o MACOS online emulator mula sa website na ito.
- 5. Mula sa OnWorks Linux OS na kasisimula mo pa lang, pumunta sa aming file manager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXX gamit ang username na gusto mo.
- 6. I-download ang application, i-install ito at patakbuhin ito.
MGA LALAKI
Ad
NGSEP na tumakbo sa Linux online
DESCRIPTION
Ang NGSEP ay isang pinagsama-samang balangkas para sa pagsusuri ng data ng DNA high throughput sequencing. Ang pangunahing paggamit ng NGSEP ay ang pagtatayo at pagsusuri sa ibaba ng agos ng malalaking dataset ng genomic variation. Gumaganap ang NGSEP ng tumpak na pagtuklas at genotyping ng Single Nucleotide Variants (SNVs), maliit at malalaking indel, short tandem repeats (STRs), inversions, at Copy Number Variants (CNVs). Nagbibigay din ang NGSEP ng mga module para sa functional annotation, filtering, format conversion, paghahambing, clustering, imputation, introgression analysis at iba't ibang uri ng istatistika. Ang isang kumpletong listahan ng mga pag-andar ay magagamit sa aming wiki (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).BALITA: Kakagawa lang namin ng unang command line na release ng bersyon 4, kasama ang sarili naming pagpapatupad ng FM-index na reads aligner. Ang paggamit ng command line ay na-standardize sa buong application. Mangyaring maglaan ng oras upang i-update ang mga script upang mag-upgrade sa bagong bersyon na ito. Ang mga karagdagang detalye ay makukuha sa wiki.
Mga tampok
- Pag-detect ng mga SNP, CNV at Structural Variant
- Alignment ng raw reads sa isang reference genome
- Pagmamanipula ng VCF: functional annotation, merge, filter, compare, format conversion, imputation
- Pagkalkula at paglalagay ng mga istatistika ng SAM/BAM at VCF
- Nagbabasa ng Demultiplexing
- Pag-align ng mga annotated genome assemblies
- Mga istatistika at pag-filter sa mga transcriptome annptations sa GFF3 na format
Audience
Industriya ng Pangangalagang Pangkalusugan, Agham/Pananaliksik, Ibang Audience, Agrikultura
Interface ng gumagamit
Java SWT, Console/Terminal, Eclipse
Wika ng Programming
Java
Ito ay isang application na maaari ding kunin mula sa https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Na-host ito sa OnWorks upang mapatakbo online sa pinakamadaling paraan mula sa isa sa aming mga libreng Operative System.
