Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen komut otoligandıdır.
Program:
ADI
AutoLigand: - bir reseptörün ligand bağlanma bölgesinin tanımlanması
SİNOPSİS
AutoLigand'ı, autodocktools'un sağladığı GUI aracılığıyla başlatmanız önerilir.
otoligand r FileBaseName -p #_of_pts Yukarıdaki, aşağıdakiler için sağlanan bir basitleştirmedir.
Debian paketi. Normal komut satırı çağrısı python aracılığıyla yapılır
/usr/share/pyshared/AutoDockTools/AutoLigand.py -r DosyaTemelAdı -p #_of_puan
AÇIKLAMA
otoligand Python betiği AutoLigand.py'ye sembolik bir bağlantıdır. Bu bir gerçekleştirir
bir proteinin belirli bir bölümünün bağlanma olasılığının otomatik olarak araştırılması
ligandlar.
Komut açıklaması...
-r FileBaseName = alıcı harita dosyalarından sadece isim kısmı (yani, FileBaseName.C.map)
-p #_of_pts = kullanılacak doldurma noktası sayısı (int)
Not: varsa atlanabilir -a kullanılan seçenek.
İsteğe bağlı parametreler:
[-a #] = ligand için ağır atom sayısı (#_of_pts 6x atoma ayarlanacaktır) [-x #
-y # -z #] = doldurmayı başlatmak için isteğe bağlı x,y,z koordinatları (yüzer)
başlangıç noktası girildiğinde, yalnızca bir dolgu çalıştırılacaktır
[-ben # -j # -k #] = ikinci nokta için isteğe bağlı x,y,z koordinatları (float)
ikinci nokta girildiğinde, dolgu her iki noktayı da bağlayacaktır NOT: bağlantı
yol optimize edilmedi - dikkatli kullanın
[-f #] = oluşturulacak dolgu sayısı - varsayılan 10'dur [-e] = fazladan atomu kullanın
NA, N, SA ve A türleri
NOT: bu sonuçlar sorunlu olabilir - dikkatli kullanın
[-m] = çıktı doldurma ilerlemesini gösteren bir film yap
onworks.net hizmetlerini kullanarak otomatik ligand'ı çevrimiçi kullanın