Bu, Ubuntu Online, Fedora Online, Windows çevrimiçi emülatörü veya MAC OS çevrimiçi emülatörü gibi birden fazla ücretsiz çevrimiçi iş istasyonumuzdan birini kullanarak OnWorks ücretsiz barındırma sağlayıcısında çalıştırılabilen GWAMA komutudur.
Program:
ADI
GWAMA - Genom Çapında İlişkilendirme Meta Analizi
SİNOPSİS
GWAMA [seçenekleri]
TANIM
GWAMA (Genome-Wide Association Meta Analysis) yazılımı,
ikili veya nicel fenotiplerin GWA çalışmalarının sonuçları. Sabit ve rastgele efekt
tahminler kullanılarak hem doğrudan genotipli hem de empoze edilmiş SNP'ler için meta-analizler yapılır
alelik olasılık oranı ve ikili özellikler için %95 güven aralığı ve
kantitatif fenotipler için alelik etki büyüklüğü ve standart hata. GWAMA kullanılabilir
tüm farklı genetik modellerin sonuçlarını analiz etmek için (çarpımsal, toplamsal,
baskın, çekinik). Yazılım, tanımlamak için hata yakalama olanakları içerir.
iplikçik hizalama hataları ve alel çevirme ve heterojenlik testleri gerçekleştirir
çalışmalar arasındaki etkiler.
SEÇENEKLER
-i, --dosya listesi=Dosya
Çalışmaların sonuç dosyalarını belirtin. Varsayılan = gwama.in
-o, --çıktı=dosya kökü
Analiz çıktısı için dosya kökünü belirtin. Varsayılan = gwama (gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --rastgele
Rastgele efekt düzeltmesi kullanın. Varsayılan = devre dışı
-gc, --genomik_kontrol
Çalışmaların sonuç dosyalarını ayarlamak için genomik kontrolü kullanın. Varsayılan = devre dışı
-gco, --genomik_kontrol_çıktısı
Meta-analiz özetinde genomik kontrolü kullanın (yani meta-analiz sonuçları
gc için düzeltildi). Varsayılan = devre dışı
-qt, --nicel
Nicel özellik sürümünü seçin (BETA ve SE sütunları). Varsayılan = ikili özellik
-m, --harita=Dosya
İşaret haritası için dosya adını seçin.
-t, --eşik=0-1
Özet efekt yönlerinde yönü göstermek için p değeri eşiği. varsayılan =
1
--no_alleller
Alel bilgisi verilmemiştir. Her zaman aynı EA bekleniyor.
--indel_alleles
Alel laboratuvarları tek harften fazlasını içerebilir. Tel kontrolü yok.
--seks Cinsiyete göre farklılaştırılmış ve cinsiyete göre heterojenlik analizini çalıştırın (yöntem
kağıt Magi, Lindgren & Morris 2010). Cinsiyet bilgisi filelist dosyasında sağlanmalıdır.
(dosya adlarından sonraki ikinci sütun M veya F'dir).
--name_marker
İşaretçi adı sütununa alternatif başlık.
--name_strand
İp sütununa alternatif başlık.
--isim_n
Örnek boyutu sütununa alternatif başlık.
--name_ea
Alel sütununu etkilemek için alternatif başlık.
--name_nea
Etkisiz alel sütununa alternatif başlık.
--name_eaf
Alel frekansı sütununu etkilemek için alternatif başlık.
--name_beta
Beta sütununa alternatif başlık.
--name_se
std'ye alternatif başlık. hata. sütun.
--name_or
VEYA sütununa alternatif başlık.
--name_or_95l
VEYA 95L sütununa alternatif başlık.
--name_or_95u
VEYA 95U sütununa alternatif başlık.
-h, --yardım et
Bu yardımı yazdırın.
-v, --versiyon
GWAMA sürüm numarasını yazdırın. Bu kılavuz sayfası yetersiz olmalıdır. lütfen kullanın
gwama seçeneklerinin hızlı bir şekilde hatırlatılması için yardım seçeneği veya ana sayfasına dönün
çevrimiçi belgeler veya indirilebilir kılavuz ile.
onworks.net hizmetlerini kullanarak GWAMA'yı çevrimiçi kullanın
