2.skor

Program:

ADI

2.skor - her pozisyonda sabitlenmiş en iyi saç tokasını bulun.

SİNOPSİS

2.skor giriş.fasta > çıkış.saç tokası

TANIM

Dizideki her konum için bu bir satır çıkarır:

-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC KATAAGCACCACATT
(puan) (başlangıç ​​.. bitiş) (sol bağlam) (firkete) (sağ içerik)

Dizilerin uçlarına yakın konumlar için bağlam 'x' ile doldurulabilir.
karakterler. Saç tokası bulunamazsa, puan 'Yok' olacaktır.

Birden fazla fasta dosyası verilebilir ve her fasta dosyasında birden fazla dizi olabilir. NS
her dizi için çıktı, '>' ile başlayan ve aşağıdakileri içeren bir satırla ayrılacaktır.
Dizinin FASTA açıklaması.

Artı ve eksi saç tokası puanları farklı olabileceğinden (GU nedeniyle
RNA'da bağlama), varsayılan olarak 2. puan, her dizi için iki set saç tokası verir:
İLERİ tokalar ve GERİ tokalar. Tüm ileri saç tokaları önce çıkarılır ve
Kendilerinden önceki '>' satırının sonunda 'İLERİ' kelimesi ile tanımlanır.
Benzer şekilde, TERS saç tokaları, 'GERİ' ile biten bir '>' satırından sonra listelenir. Eğer sen
yalnızca bir veya diğer diziyi aramak istiyorsanız, şunları kullanabilirsiniz:

--no-fwd İLERİ saç ​​tokalarını yazdırma
--no-rvs TERS saç tokalarını yazdırmayın

Kullanılan enerji fonksiyonunu --gc, --au, --gu ile transtermde olduğu gibi ayarlayabilirsiniz,
--mm, --boşluk seçenekleri. --min-loop, --max-loop ve --max-len seçenekleri de desteklenir.

FORMAT OF L' .ÇANTA DOSYALAR
.bag dosyalarının sütunları sırayla:

1. gen_adı
2. terminatör_başlangıç
3. terminatör_bitişi
4. saç tokası_skoru
5. kuyruk_skoru
6. terminatör_dizisi

7. terminator_confidence: saç tokası ve kuyruk puanının bir kombinasyonu
bu tür puanların rastgele bir sırayla ne kadar olası olduğunu hesaba katar. Bu
terminatör için ana "puan"dır ve şu bölümde açıklandığı gibi hesaplanır.
kağıt.

8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: *yaklaşık* taban sayısı
genin sonu ile terminatörün başlangıcı arasındaki çiftler. Bu
birkaç yönden yaklaşıktır: Birincisi, (ve en önemlisi) TransTermHP
her zaman gerçek gen uçlarını kullanmaz. Verdiğin seçeneklere bağlı
sonlandırıcıları işlemek için genlerin uçlarından bazılarını kesebilir.
genlerle kısmen örtüşür. İkincisi, sonlandırıcının "başladığı" yer
o kadar iyi tanımlanmadı mı? Bu alan yalnızca akıl sağlığı kontrolü için tasarlanmıştır
(genlerin uçlarına yakın en iyi olduğu bildirilen terminatörler olmamalıdır
genin sonundan _çok uzak_).

KULLANMA GEÇİŞ OLMADAN GENETİK ŞİFRE EK AÇIKLAMALAR
TransTermHP bilinen gen bilgilerini yalnızca 3 şey için kullanır: (1) varsayılanı etiketleme
"genlerin içinde" veya "genler arası" olarak sonlandırıcılar, (2) arka plan GC-'yi seçerek
puanları hesaplamak için içerik yüzdesi, çünkü genler genellikle farklı GC içeriğine sahiptir
intergenik bölgelerden daha fazladır ve (3) biraz daha okunabilir çıktı üretir. Öğeler (1)
ve (3) gerçekten gerekli değildir ve (2) genleriniz yaklaşık olarak aynıysa hiçbir etkisi yoktur.
GC içeriği intergenik bölgeleriniz olarak.

Ne yazık ki, TransTermHP'nin ek açıklama olmadan çalıştırmak için henüz basit bir seçeneği yok
dosya (.ptt veya .coords) ve mevcut olması için en az 2 gen gerektirir. Çözüm
her bir kromozomu çevreleyen sahte, küçük genler yaratmaktır. Bunu yapmak için bir fake.coords yapın
yalnızca bu iki satırı içeren dosya:

fakegene1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L krom_kimliği

burada L, giriş dizisinin uzunluğudur ve L-1, girişin uzunluğundan 1 eksiktir.
sıra. "chrom_id", .fasta dosyasındaki ">" işaretini doğrudan takip eden kelime olmalıdır
dizinizi içeren. (Örneğin, .fasta dosyanız ">seq1" ile başladıysa,
krom_id = sıra1).

Bu, diziyi çevreleyen iki 1 baz uzunluğunda gen ile "sahte" bir açıklama oluşturur.
kuyruktan kuyruğa düzenleme: --> <--. TransTermHP daha sonra aşağıdakilerle çalıştırılabilir:

transterm -p expterm.dat dizisi.fasta fake.coords

Genler arası bölgelerinizin G/C içeriği genlerinizle yaklaşık olarak aynıysa, o zaman bu
sonlandırıcıların aldığı puanlar üzerinde çok fazla bir etkisi olmayacaktır. Diğer yandan,
TransTermHP'nin bu kullanımı çok fazla test edilmemiştir, bu nedenle
doğruluk.

onworks.net hizmetlerini kullanarak 2.score çevrimiçi kullanın