Bu, en son sürümü NGSEPcore_4.0.1.jar olarak indirilebilen, çevrimiçi Linux'ta çalışacak NGSEP adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için NGSEP adlı bu uygulamayı çevrimiçi olarak indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
EKRAN
Ad
NGSEP, Linux'ta çevrimiçi çalışacak
AÇIKLAMA
NGSEP, yüksek verimli DNA dizileme verilerinin analizi için entegre bir çerçevedir. NGSEP'in ana kullanımı, genomik varyasyonun büyük veri kümelerinin oluşturulması ve aşağı akış analizidir. NGSEP, Tek Nükleotid Varyantlarının (SNV'ler), küçük ve büyük indellerin, kısa tandem tekrarların (STR'ler), inversiyonların ve Kopya Sayısı Varyantlarının (CNV'ler) doğru tespitini ve genotiplemesini gerçekleştirir. NGSEP ayrıca işlevsel açıklama, filtreleme, format dönüştürme, karşılaştırma, kümeleme, atama, giriş analizi ve farklı türde istatistikler için modüller sağlar. İşlevlerin tam listesi wiki'mizde mevcuttur (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).HABER: Kendi FM dizini tabanlı okuma hizalayıcı uygulamamız da dahil olmak üzere, sürüm 4'ün ilk komut satırı sürümünü kullanıma sunduk. Komut satırı kullanımı tüm uygulama üzerinde standart hale getirildi. Lütfen bu yeni sürüme yükseltmek için komut dosyalarını güncellemek için zaman ayırın. Daha fazla ayrıntı wiki'de mevcuttur.
Özellikler
- SNP'ler, CNV'ler ve Yapısal Varyantların tespiti
- Ham okumaların bir referans genoma hizalanması
- VCF manipülasyonu: işlevsel açıklama, birleştirme, filtreleme, karşılaştırma, format dönüştürme, atama
- SAM/BAM ve VCF istatistikleri hesaplama ve çizimi
- Demultiplexing'i okur
- Açıklamalı genom düzeneklerinin hizalanması
- GFF3 formatındaki transkriptom açıklamalarına ilişkin istatistikler ve filtreleme
Seyirci
Sağlık Sektörü, Bilim/Araştırma, Diğer Kitle, Tarım
Kullanıcı arabirimi
Java SWT, Konsol/Terminal, Eclipse
Programlama dili
Java
Bu, https://sourceforge.net/projects/ngsep/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.
