Bu, en son sürümü icas_v062.tar.bz2 olarak indirilebilen, çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırılacak iCAS - Bir Illumina Klon Derleme Sistemi adlı Linux uygulamasıdır. İş istasyonları için ücretsiz barındırma sağlayıcısı OnWorks'te çevrimiçi olarak çalıştırılabilir.
OnWorks ile çevrimiçi olarak Linux'ta çalıştırmak için iCAS - An Illumina Clone Assembly System adlı bu uygulamayı çevrimiçi indirin ve çalıştırın.
Bu uygulamayı çalıştırmak için şu talimatları izleyin:
- 1. Bu uygulamayı PC'nize indirdiniz.
- 2. Dosya yöneticimize https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX istediğiniz kullanıcı adını girin.
- 3. Bu uygulamayı böyle bir dosya yöneticisine yükleyin.
- 4. Bu web sitesinden OnWorks Linux çevrimiçi veya Windows çevrimiçi öykünücüsünü veya MACOS çevrimiçi öykünücüsünü başlatın.
- 5. Yeni başladığınız OnWorks Linux işletim sisteminden, istediğiniz kullanıcı adıyla https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX dosya yöneticimize gidin.
- 6. Uygulamayı indirin, kurun ve çalıştırın.
iCAS - Linux'ta çevrimiçi çalışacak bir Illumina Klon Derleme Sistemi
AÇIKLAMA:
Büyük ve karmaşık genomlar için yüksek kaliteli derlemeler elde etmenin bir yolu olarak klon klon dizileme, yüksek verimli dizileme çağında büyük önem arz etmeye devam ediyor. Bununla birlikte, mevcut bütün genom birleştiriciler kullanılarak elde edilen derlemeler genellikle parçalanır ve bazen çoğullanmış dizileme tarafından sunulan farklı veri özellikleri nedeniyle genom bütünlüğü sorunlarına sahiptir.iCAS ile veri filtreleme işlemi, yeni bir kmer frekans algoritmasına dayalıdır ve bu da neredeyse mükemmel ön montaj okumaları sağlar. Contig'ler, farklı montaj algoritmaları kullanılarak oluşturulur ve daha sonra daha uzun süreklilik elde etmek için birleştirilir. Tüm okumaları taslak bitişiklere yeniden hizalamak ve her dizi tabanını yeniden kalibre etmek nihai bir fikir birliğine ulaşır. QC için bitmiş klonlar kullanan boru hattı, klon kapsamı %99.7 ve konsensüs temel kalitesi Q39 olan montajlar elde edebilir.
Wellcome Trust Sanger Enstitüsü'nde geliştirildi.
Seyirci
Bilim araştırması
Programlama dili
Perl, C
Bu, https://sourceforge.net/projects/icas/ adresinden de getirilebilen bir uygulamadır. Ücretsiz İşletim Sistemlerimizden birinden en kolay şekilde çevrimiçi çalıştırılabilmesi için OnWorks'te barındırılmıştır.