cmbuild - Інтернет у хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

cmbuild - побудувати коваріаційну модель (моделі) із структурно анотованої множинної послідовності РНК
вирівнювання(и)

СИНТАКСИС

cmbuild [параметри]

ОПИС

Для кожного множинного вирівнювання послідовності в побудувати коваріаційну модель і зберегти її в
новий файл .

Файл вирівнювання має бути у форматі Stockholm або SELEX і містити консенсус
анотація вторинної структури. cmbuild використовує консенсусну структуру для визначення
архітектура КМ.

може бути '-' (тире), що означає читання цього введення з stdin а не файл.
Щоб використовувати «-», ви також повинні вказати формат файлу вирівнювання --інформація , як в
--інформація Стокгольм (через поточне обмеження в нашій реалізації файл MSA
формати не можна автоматично визначити у вхідному потоці без можливості перемотування.)

може не бути '-' (стандартний вихід), оскільки надсилання файлу CM до stdout конфліктував би
з іншим текстовим виводом програми.

На додаток до написання CM(s) to , cmbuild також виводить один рядок для кожного
модель, створена для stdout. Кожен рядок має такі поля: "aln": індекс
вирівнювання, що використовується для побудови КМ; "idx": індекс CM у ; "ім'я":
найменування КМ; "nseq": кількість послідовностей у вирівнюванні, що використовується для побудови CM;
"eff_nseq": ефективна кількість послідовностей, використаних для побудови моделі; "alen": довжина
вирівнювання, що використовується для побудови КМ; "clen": кількість стовпців від вирівнювання
визначені як стовпці консенсусу (відповідності); "bps": кількість пар основ у КМ; "bifs":
кількість біфуркацій в ЦМ; "rel entropy: CM": повна відносна ентропія
модель, поділена на кількість консенсусних стовпців; "rel entropy: HMM": загальна відносна
ентропія моделі без урахування вторинної структури поділена на кількість консенсусу
колонки. "description": опис моделі/вирівнювання.

ВАРІАНТИ

-h Допомога; надрукувати коротке нагадування про використання командного рядка та доступні параметри.

-n Назвіть новий CM . За замовчуванням використовується назва траси (якщо вона є
присутні в ), або, якщо цього немає, ім'я . If
містить більше ніж одне вирівнювання, -n не працює, і кожне вирівнювання
має мати назву, анотовану в (як у Stockholm #=GF ID анотації).

-F дозволяти бути перезаписаним. Без цієї опції, якщо вже
існує, cmbuild виходить з помилкою.

-o Спрямуйте вихідний підсумок у файл , а не до стандартний вихід.

-O Після створення кожної моделі повторно збережіть анотовані вихідні вирівнювання у файлі
у стокгольмському форматі. Послідовності позначаються відносною вагою послідовності
були призначені. Вирівнювання також анотовано за допомогою лінії опорної анотації
вказуючи, які стовпці були призначені консенсусними. Якщо вихідне вирівнювання мало
посилання на анотацію ("#=GC RF") буде замінено консенсусним залишком
модель для консенсусних стовпців і '.' для вставлення стовпців, якщо не --рука
параметр використовувався для конкретизації консенсусних позицій, у цьому випадку він буде
незмінний.

--допомога розробки Роздрукувати довідку, як і с -h , але також включити експертні варіанти, які не є
відображається за допомогою -h . Очікується, що ці експертні варіанти не будуть актуальними для
переважна більшість користувачів і тому не описані на сторінці посібника. Єдиний
ресурси для розуміння того, що вони насправді роблять, є коротким одним рядком
описи вихід коли --допомога розробки увімкнено, а вихідний код.

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ МОДЕЛЬ БУДІВНИЦТВО

Ці параметри визначають спосіб визначення консенсусних стовпців у вирівнюванні.

--швидко Автоматично визначати консенсусні стовпці як ті, у яких є частка >= симфрак of
залишки на відміну від прогалин. (Див. нижче --symfrac варіант.) Це
за замовчуванням.

--рука Використовуйте анотацію опорних координат (#=лінія GC RF, у Стокгольмі), щоб визначити, які
стовпці є консенсусними, а які є вставками. Будь-який символ без пропуску вказує на a
колонка консенсусу. (Наприклад, позначте консенсусні стовпці "x" і вставте стовпці
з «.».) Ця опція була викликана --rf у попередніх версіях Infernal (0.1
до 1.0.2).

--symfrac
Визначте поріг фракції залишку, необхідний для визначення консенсусного стовпця, коли
не використовуючи --рука. За замовчуванням 0.5. Частка символу в кожному стовпчику дорівнює
розраховується після врахування відносного зважування послідовності. Встановивши це значення
0.0 означає, що кожен стовпець вирівнювання буде призначено консенсусом, що може бути
корисно в деяких випадках. Встановлення значення 1.0 означає, що лише стовпці, які містять 0 пропусків
буде призначено як консенсус. Ця опція замінює --gapthresh варіант
з попередніх версій Infernal (від 0.1 до 1.0.2), з дорівнює (1.0 -
). Наприклад, щоб відтворити поведінку для команди cmbuild --gapthresh 0.8
у попередній версії використовуйте cmbuild --symfrac 0.2 з цією версією.

--нос Ігноруйте анотацію вторинної структури, якщо така є і побудувати CM з
нуль пар основ. Ця модель буде схожа на профіль ХММ і свій cmsearch та
cmscan програми використовуватимуть для цього алгоритми HMM, які є швидшими за алгоритми CM
модель. Крім того, не потрібно калібрувати модель нульової пари основ cmкалібрувати
перед бігом cmsearch з цим. --нос необхідно використовувати опцію, якщо її немає
анотація вторинної структури в .

--пошук
Параметризуйте показники викидів за принципом RSEARCH, використовуючи матрицю RIBOSUM у файлі .
з --пошук увімкнено, усі вирівнювання в має містити рівно один
послідовність або -- дзвоніть опція також має бути ввімкнена. Усі позиції в кожній послідовності
вважатимуться консенсусними «колонками». Фактично, бали викидів для них
моделі не будуть ідентичні оцінкам RIBOSUM через відмінності в моделюванні
стратегія між Infernal і RSEARCH, але вони будуть максимально схожими.
Файли матриць RIBOSUM включені до Infernal у підкаталозі "matrices/"
каталог верхнього рівня "infernal-xxx". Матриці RIBOSUM є оцінкою заміни
матриці, навчені спеціально для структурних РНК з окремими одноланцюговими
оцінки заміни залишків і пар основ. Для отримання додаткової інформації дивіться RSEARCH
публікація (Кляйн і Едді, BMC Bioinformatics 4:44, 2003).

ІНШІ МОДЕЛЬ БУДІВНИЦТВО ВАРІАНТИ

--нуль
Прочитати нульову модель з . Нульова модель визначає ймовірність кожної РНК
нуклеотиду у фоновій послідовності, за замовчуванням використовується 0.25 для кожного нуклеотиду.
Формат нульових файлів вказано в посібнику користувача.

--попередній
Прочитати Діріхле раніше з , заміна стандартної суміші Діріхле. The
формат попередніх файлів указано в посібнику користувача.

Скористайтесь --допомога розробки щоб побачити додаткові, інакше незадокументовані варіанти побудови моделі.

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ РОБОТИ Ваги

cmbuild використовує спеціальний алгоритм зважування послідовності для зниження ваги тісно пов’язаних
послідовностей і віддалено пов’язаних. Це призводить до зменшення кількості моделей
упереджено нерівномірним філогенетичним представленням. Наприклад, дві ідентичні послідовності будуть
зазвичай кожен отримує половину ваги, ніж одна послідовність. Ці параметри керують
який алгоритм використовується.

--wpb Використовуйте схему зважування послідовності на основі позиції Генікоффа [Henikoff and Henikoff,
J. Mol. біол. 243:574, 1994]. Це значення за замовчуванням.

--wgsc Використовуйте алгоритм зважування Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol.
біол. 235:1067, 1994].

--немає
Вимкнути зважування послідовності; наприклад, явно встановити всі ваги послідовності на 1.0.

--wgiven
Використовуйте ваги послідовності, як зазначено в анотації у вхідному файлі вирівнювання. Якщо ні
надано ваги, припустимо, що всі вони дорівнюють 1.0. За замовчуванням визначається новий
ваги послідовності за алгоритмом Герштейна/Зоннхаммера/Чотія, ігноруючи будь-які
анотовані ваги.

--wblosum
Використовуйте алгоритм фільтрації BLOSUM для зважування послідовностей замість стандартного
Зважування GSC. Згрупуйте послідовності за заданим відсотком ідентичності (див --wid);
призначити кожному кластеру загальну вагу 1.0, рівномірно розподілену між членами
цього кластера.

--шир
Контролює поведінку --wblosum параметр зважування шляхом встановлення відсотка
ідентичність для кластеризації вирівнювання .

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ ЕФЕКТИВНО ПОСЛІДОВНІСТЬ НОМЕР

Після визначення відносних ваг вони нормалізуються до суми до загальної ефективної
порядковий номер, eff_nseq. Це число може бути фактичною кількістю послідовностей у
вирівнювання, але воно майже завжди менше. Зважування ентропії за замовчуванням
метод (--eent) зменшує ефективний порядковий номер, щоб зменшити вміст інформації
(відносна ентропія, або середня очікувана оцінка справжніх гомологів) на консенсусну позицію. The
цільова відносна ентропія контролюється функцією з двома параметрами, де два параметра
параметри встановлюються за допомогою -- Ось та --езигма.

--eent Використовуйте стратегію зважування ентропії, щоб визначити ефективний порядковий номер, який
дає відносну ентропію цільового середнього стану відповідності. Цей параметр є типовим і
можна вимкнути за допомогою --енон. Стандартне цільове середнє відповідність стану відносного
ентропія становить 0.59 біта для моделей з принаймні 1 парою основ і 0.38 біта для моделей
з нульовими парами основ, але змінено з --ере. За замовчуванням використовується 0.59 або 0.38 біта
автоматично змінюється, якщо загальна відносна ентропія моделі (підсумкова збігається
відносна ентропія стану) менше, ніж обмеження, яке за замовчуванням становить 6.0 біт, але
можлива зміна з експертом, без документів --eX варіант. Якщо дуже хочеш
пограйте з цією опцією, зверніться до вихідного коду.

--енон
Вимкніть стратегію зважування ентропії. Ефективний порядковий номер - це просто
кількість послідовностей у вирівнюванні.

-- Ось
Установіть відносну ентропію цільового середнього стану відповідності як . За замовчуванням ціль
відносна ентропія на позицію збігу становить 0.59 біта для моделей, які мають принаймні 1
пари основ і 0.38 для моделей з нульовими парами основ.

--eminseq
Визначте мінімально допустимий ефективний порядковий номер як .

--ehmmre
Установіть цільову відносну ентропію стану середнього збігу HMM як . Ентропія для
стани відповідності пар основ обчислюються з використанням маргіналізованого випромінювання пар основ
ймовірності.

--eset
Встановіть ефективний порядковий номер для зважування ентропії як .

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ ФІЛЬТР P7 HMM БУДІВНИЦТВО

Для кожного CM що cmbuild конструкцій, супровідний фільтр p7 HMM будується з вхідних даних
вирівнювання також. Ці параметри керують конструкцією фільтра HMM:

--p7ere
Встановіть відносну ентропію цільового середнього стану відповідності для фільтра p7 HMM як . By
за умовчанням цільова відносна ентропія на позицію збігу становить 0.38 біт.

--p7мл Використовуйте HMM максимальної ймовірності p7, створений з CM, як фільтр HMM. Це HMM буде
бути максимально схожим на КМ (обов’язково ігноруючи вторинне
будова).

Скористайтесь --допомога розробки щоб побачити додаткові, інакше незадокументовані, параметри конструкції фільтра HMM.

ВАРІАНТИ КОНТРОЛЬ ФІЛЬТР P7 HMM КАЛІБРАЦІЯ

Після створення кожного фільтра HMM, cmbuild визначає відповідні параметри E-value для використання
під час фільтрування cmsearch та cmscan шляхом вибірки набору послідовностей і пошуку в них
з кожною конфігурацією та алгоритмом фільтра HMM.

--EmN Встановіть кількість відібраних послідовностей для локального калібрування HMM фільтра MSV на .
200 за замовчуванням.

--ЕвН Встановіть кількість відібраних послідовностей для локального калібрування HMM фільтра Вітербі
. 200 за замовчуванням.

--ElfN Встановіть кількість відібраних послідовностей для локального прямого калібрування HMM фільтра
. 200 за замовчуванням.

--EgfN Встановіть кількість вибіркових послідовностей для глобального калібрування прямого фільтра HMM
до . 200 за замовчуванням.

Скористайтесь --допомога розробки щоб побачити додаткові, інакше незадокументовані, параметри калібрування фільтра HMM.

ВАРІАНТИ ДЛЯ ДОПОЛОЖЕННЯ THE ВХІД ЗАЛИШКА

-- уточнити
Спробуйте уточнити вирівнювання перед створенням CM за допомогою очікування-
максимізація (ЕМ). CM спочатку створюється з початкового вирівнювання, як зазвичай. Потім,
послідовності у вирівнюванні переналаштовуються оптимально (з CYK зі смугами HMM
алгоритм, оптимальний означає оптимальний за даними діапазонів) до КМ, і будується новий КМ
від отриманого вирівнювання. Потім послідовності переналаштовуються до нового CM, і a
новий CM будується з цього вирівнювання. Це продовжується до конвергенції,
зокрема, коли вирівнювання для двох послідовних ітерацій відсутні
суттєво відрізняються (сумовані бітові оцінки всіх послідовностей у
вирівнювання змінюється менше ніж на 1% між двома послідовними ітераціями). Останній
вирівнювання (вирівнювання, яке використовується для створення CM, до якого записується ) is
записуються в .

-l з --досконалити, увімкніть алгоритм локального вирівнювання, який дозволяє вирівнювання
охоплювати дві або більше підпослідовностей, якщо необхідно (наприклад, якщо структури запиту
модель і цільова послідовність лише частково спільні), дозволяючи певним великим
вставки та видалення в структурі будуть покарані інакше, ніж зазвичай
інделів. За замовчуванням модель запиту глобально вирівнюється з цільовими послідовностями.

--гіббс
Змінює поведінку -- уточнити тому вибірка Гіббса використовується замість EM. The
Різниця полягає в тому, що на етапі вирівнювання вирівнювання не обов’язково
оптимальний, замість цього вирівнювання (дерево синтаксичного аналізу) для кожної послідовності вибирається з
задній розподіл вирівнювання, визначений внутрішнім алгоритмом. Через
цей крок вибірки --гіббс є недетермінованим, тому різні запускаються з однаковим
вирівнювання може дати різні результати. Це неправда коли -- уточнити використовується
без того --гіббс варіант, в цьому випадку остаточне вирівнювання і СМ будуть завжди
так само. Коли --гіббс увімкнено, --насіння опцію можна використовувати для посіву
генератор випадкових чисел передбачувано, що робить результати відтворюваними. Мета
--гіббс Варіант полягає в тому, щоб допомогти експертам-кураторам вирівнювання РНК уточнити структуру
вирівнювання, дозволяючи їм спостерігати альтернативні вирівнювання з високою оцінкою.

--насіння
Заповніть генератор випадкових чисел за допомогою , ціле число >= 0. Ця опція може лише
використовувати в поєднанні з --гіббс. If є відмінним від нуля, стохастична вибірка
вирівнювання будуть відтворюваними; та сама команда дасть ті самі результати. Якщо
дорівнює 0, генератор випадкових чисел засівається довільно і стохастичний
вибірки можуть відрізнятися від виконання до виконання однієї і тієї ж команди. За замовчуванням початкове значення дорівнює 0.

--cyk з --досконалити, узгодити з алгоритмом CYK. За замовчуванням оптимальна точність
використовується алгоритм. Більше інформації про це в cmalign сторінка посібника.

--notrunc
з --досконалити, вимкніть усічений алгоритм вирівнювання. Є більше
інформація про це в cmalign сторінка посібника.

Скористайтесь --допомога розробки щоб побачити додаткові, інакше незадокументовані, параметри уточнення вирівнювання як
а також інші параметри вихідного файлу та параметри для створення кількох моделей для однієї
вирівнювання.

Використовуйте cmbuild онлайн за допомогою сервісів onworks.net