dane - онлайн в хмарі

ПРОГРАМА:

ІМ'Я

dan - Розраховує температуру плавлення нуклеїнової кислоти

СИНТАКСИС

Дан - послідовність seqall - розмір вікна ціле -приріст зсуву ціле -днаконц плавати
-конц солі плавати [- продукт переключитися] -формамід плавати - невідповідність плавати -продлен ціле
[-термо переключитися] -температура плавати -рна boolean - сюжет переключитися - mintemp плавати
-граф ксиграф - вихідний файл звітом

Дан -допомога

ОПИС

Дан — це програма командного рядка від EMBOSS («Європейське відкрите програмне забезпечення для молекулярної біології
Люкс»). Це частина командної групи "Nucleic:Properties,Nucleic:Composition".

ВАРІАНТИ

вхід розділ
- послідовність seqall

Вимагається розділ
- розмір вікна ціле
Значення температури плавлення та інших термодинамічних властивостей послідовності є
визначається шляхом взяття короткої послідовності, відомої як вікно, і визначення
властивості послідовності у цьому вікні. Вікно поступово переміщується уздовж
послідовність з обчисленням властивостей для кожної нової позиції. Значення за замовчуванням: 20

-приріст зсуву ціле
Це величина, на яку вікно переміщується з кожним кроком, щоб знайти
температура плавлення та інші властивості вздовж послідовності. Значення за замовчуванням: 1

-днаконц плавати
Значення за замовчуванням: 50.

-конц солі плавати
Значення за замовчуванням: 50.

Додатковий розділ
Product опції
- продукт переключитися
Це підказує відсоток формаміду, відсоток дозволених невідповідностей та довжину продукту.

-формамід плавати
Це визначає відсоток формаміду, який буде використовуватися в розрахунках (він ігнорується, якщо
-використовується продукт). Значення за замовчуванням: 0.

- невідповідність плавати
Це визначає відсоткову невідповідність, яка буде використовуватися в обчисленнях (вона ігнорується, якщо
-використовується продукт). Значення за замовчуванням: 0.

-продлен ціле
Це визначає довжину продукту, яка буде використовуватися в розрахунках (вона ігнорується, якщо
-використовується продукт). Значення за замовчуванням: $(windowsize)

Термодинамічний опції
-термо переключитися
Виведіть значення DeltaG, DeltaH і DeltaS вікон послідовності у вихідні дані
файлу.

-температура плавати
Якщо вказано -thermo, це визначає температуру, при якій потрібно
обчислити значення DeltaG, DeltaH і DeltaS. Значення за замовчуванням: 25.

Advanced розділ
-рна boolean
Це вказує, що послідовність є послідовністю РНК, а не послідовністю ДНК.

Вихід розділ
- сюжет переключитися
Якщо це не вказано, то створюється файл вихідних даних, інакше — графік
виробляється температура плавлення вздовж послідовності.

- mintemp плавати
Введіть мінімальне значення для шкали температури (вісь Y) графіка. Значення за замовчуванням:
55.

-граф ксиграф

- вихідний файл звітом
Якщо графік не створюється, то дані про температуру плавлення тощо в кожному вікні
вздовж послідовності виводиться у файл.

Використовуйте dane онлайн за допомогою служб onworks.net