Це команда gt-matchtool, яку можна запустити в постачальнику безкоштовного хостингу OnWorks за допомогою однієї з наших численних безкоштовних робочих станцій, таких як Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-емулятор Windows або онлайн-емулятор MAC OS
ПРОГРАМА:
ІМ'Я
gt-matchtool – аналізувати формати відповідності та/або запускати інструменти зіставлення.
СИНТАКСИС
gt сірниковий інструмент [варіант...]
ОПИС
-типу [...]
вибрати відповідний формат файлу: OPENMATCH: відкрити матч формат, наприклад, vmatch BLASTOUT : табличний
Вихід BLAST (-m 8) BLASTALLP: викликати BLASTALL за допомогою blastp BLASTALLN: викликати BLASTALL
з blastn BLASTP : викликати blastp BLASTN : викликати blastn LAST : викликати LAST SW : використовувати
Сміт-Вотерман (за замовчуванням: OPENMATCH)
- файл матчів [ім'я файлу]
встановити ім'я вхідного файлу (за замовчуванням: не визначено)
-дб [ім'я файлу]
встановити ім'я файлу бази даних (за замовчуванням: не визначено)
-swminlen [значення]
встановити мінімально необхідну довжину вирівнювання (для вирівнювання Сміта-Вотермана) (за замовчуванням: 10)
-swmaxedist [значення]
встановити максимально дозволену відстань редагування (для вирівнювання Сміта-Вотермана) (за замовчуванням: 0)
- запит [ім'я файлу]
встановити назву файлу запиту (за замовчуванням: не визначено)
-допомога
відобразити довідку та вийти
-версія
відобразити інформацію про версію та вийти
ЗВІТНІСТЬ БУГИ
Повідомте про помилки доgt-users@genometools.org>.
Використовуйте gt-matchtool онлайн за допомогою служб onworks.net