Це програма для Linux під назвою NGSEP для роботи в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як NGSEPcore_4.0.1.jar. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою NGSEP, щоб безкоштовно запускати в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
ЕКРАНИ
Ad
NGSEP для запуску в Linux онлайн
ОПИС
NGSEP — це інтегрована структура для аналізу даних високопродуктивного секвенування ДНК. Основним використанням NGSEP є конструювання та подальший аналіз великих наборів даних геномної варіації. NGSEP виконує точне виявлення та генотипування однонуклеотидних варіантів (SNV), малих і великих інделей, коротких тандемних повторів (STR), інверсій і варіантів числа копій (CNV). NGSEP також надає модулі для функціональних анотацій, фільтрації, перетворення форматів, порівняння, кластеризації, імпутації, аналізу інтрогресії та різних видів статистики. Повний список функцій доступний у нашій вікі (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).НОВИНИ: Ми щойно зробили доступним перший випуск командного рядка версії 4, включаючи нашу власну реалізацію вирівнювача читання на основі FM-індексу. Використання командного рядка було стандартизовано для всієї програми. Будь ласка, знайдіть час, щоб оновити сценарії для оновлення до цієї нової версії. Додаткова інформація доступна у вікі.
Функції
- Виявлення SNP, CNV та структурних варіантів
- Вирівнювання необробленого зчитування з еталонним геномом
- Маніпулювання VCF: функціональні анотації, злиття, фільтрування, порівняння, перетворення форматів, імпутація
- Розрахунок та побудова статистики SAM/BAM та VCF
- Демультиплексування читання
- Вирівнювання анотованих збірок геному
- Статистика та фільтрація анптацій транскриптомів у форматі GFF3
Аудиторія
Промисловість охорони здоров'я, наука/дослідження, інша аудиторія, сільське господарство
Користувацький інтерфейс
Java SWT, консоль/термінал, Eclipse
Мова програмування
Java
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.
