Це програма для Linux під назвою GapFiller, останню версію якої можна завантажити як GapFiller-1.1.1.zip. Його можна запустити в режимі онлайн за допомогою безкоштовного хостинг-провайдера OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою GapFiller з OnWorks безкоштовно.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
GapFiller
ОПИС:
GapFiller — це локальний ассемблер із завантаженням і розширенням, який заповнює пробіл у парних читаннях.
Його можна використовувати як для ДНК, так і для РНК, і він був протестований на даних Illumina.
GapFiller можна використовувати щоразу, коли потрібно зібрати послідовність, починаючи з зчитування, що лежать на її кінцях, за умови вільної оцінки довжини послідовності.
Функції
- Підтримуваний формат введення: FASTQ (.gz, .bz2), FASTA (.gz, .bz2), SAM, BAM
- Дуже настроювані параметри складання
- Можливість вказувати різні набори даних для посіву та складання
- Можливість зберігати інформацію про макет (читання положення та орієнтації всередині зібраних контигів)
Користувацький інтерфейс
Командний рядок
Мова програмування
C + +
Категорії
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/gapfiller/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.