Це програма для Linux під назвою PASHA: Parallelized Short Read Assembly для запуску в Linux онлайн, останню версію якої можна завантажити як Pasha-1.0.10.tar.bz2. Його можна запустити в режимі онлайн у постачальника безкоштовного хостингу OnWorks для робочих станцій.
Завантажте та запустіть онлайн цю програму під назвою PASHA: Parallelized Short Read Assembly для безкоштовного запуску в Linux онлайн з OnWorks.
Дотримуйтесь цих інструкцій, щоб запустити цю програму:
- 1. Завантажив цю програму на свій ПК.
- 2. Введіть у наш файловий менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX із потрібним ім'ям користувача.
- 3. Завантажте цю програму в такий файловий менеджер.
- 4. Запустіть онлайн-емулятор OnWorks Linux або Windows або онлайн-емулятор MACOS з цього веб-сайту.
- 5. З ОС OnWorks Linux, яку ви щойно запустили, перейдіть до нашого файлового менеджера https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX з потрібним іменем користувача.
- 6. Завантажте програму, встановіть її та запустіть.
PASHA: Паралелізована збірка короткого читання для запуску в Linux онлайн
ОПИС:
PASHA — це ассемблер для паралельного короткого читання для великих геномів із використанням графіків де Брюйна. Використовуючи переваги як багатоядерних процесорів із спільною пам’яттю, так і обчислювальних кластерів із розподіленою пам’яттю, PASHA продемонструвала свій потенціал у виконанні високоякісної де-ново збірки великих геномів за розумний час зі скромними обчислювальними ресурсами. Наша оцінка з використанням трьох невеликих реальних наборів даних на парних кінцях показує, що PASHA здатна створювати кращі збірки з порівнянним охопленням генома та швидкістю помилок у порівнянні з трьома провідними асемблерами: Velvet, ABySS і SOAPdenovo. Крім того, PASHA досягає найшвидшої швидкості для всіх трьох наборів даних на одному ЦП. Для геному людини PASHA досягає конкурентоспроможної якості складання за допомогою ABySS і може завершити збірку приблизно за 21 годину, що приблизно в 2.38 рази швидше, ніж ABySS на тих же апаратних конфігураціях.Користувацький інтерфейс
Консоль/Термінал
Мова програмування
C + +
Це додаток, який також можна отримати з https://sourceforge.net/projects/pasha/. Його розміщено в OnWorks, щоб його можна було запустити в Інтернеті найпростішим способом з однієї з наших безкоштовних операційних систем.