ipcress - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

ipcress - Hệ thống mô phỏng thí nghiệm PCR in-silico

SYNOPSIS

cải xoong [ lựa chọn ] <sơn lót tập tin> <chuỗi đường dẫn>

MÔ TẢ

cải xoong là In-silico PCR Ekinh nghiệm Ssự mô phỏng Sy phân sinh.

Đây là một công cụ để mô phỏng các thí nghiệm PCR. Bạn cung cấp một tệp chứa các đoạn mồi
và một tập hợp các trình tự, và nó dự đoán các sản phẩm PCR.

Ipcress tương tự như chương trình e-PCR từ NCBI, nhưng nhanh hơn nhiều và không
gặp sự cố khi xác định kết quả phù hợp khi có các ký hiệu không rõ ràng gần mồi
kết thúc.

Nếu bạn cung cấp nhiều cặp mồi với nhau, ipcress sẽ mô phỏng các thí nghiệm PCR trong
song song, cho phép mô phỏng rộng bộ gen của số lượng lớn các thí nghiệm. Nó sử dụng nhiều
thư viện từ tha công cụ so sánh trình tự.

ĐẦU VÀO FORMAT

Đầu vào cho ipcress là một tệp được phân cách bằng khoảng trắng đơn giản mô tả một thử nghiệm cho mỗi
hàng. Mỗi dòng chứa 5 trường sau:

id Giá trị nhận dạng cho thử nghiệm này
sơn lót_A Trình tự cho lớp sơn lót đầu tiên
sơn lót_B Trình tự cho lớp sơn lót thứ hai
min_product_len Chiều dài sản phẩm tối thiểu để báo cáo
max_product_len Chiều dài sản phẩm tối đa để báo cáo

Đây là một dòng ví dụ ở định dạng này:

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

OUTPUT FORMAT

Định dạng đầu ra mô tả một sản phẩm PCR trên mỗi dòng,
và có tiền tố là "ipcress:", theo sau là 11 trường sau:

chuỗi_id Số nhận dạng trình tự
nghiệm_id Id thử nghiệm PCR
chiều dài sản phẩm Chiều dài sản phẩm PCR
sơn lót_5 Sơn lót 5 '(A hoặc B)
vị trí_5 Vị trí của lớp sơn lót 5 '
không khớp_5 Số lượng không khớp trên lớp sơn lót 5 '
sơn lót_3 |
vị trí_3 | Các trường tương tự cho mồi 3 '
không khớp_3 |
Mô tả Mô tả sản phẩm PCR

Trường mô tả là một trong 4 chuỗi sau:

phía trước Sản phẩm thông thường, sơn lót A sau đó là B
biên dịch lại Sản phẩm thông thường, sơn lót B sau đó là A
độc thân_A Sản phẩm xấu chỉ do primer_A tạo ra
đơn_B Sản phẩm xấu chỉ do primer_B tạo ra

Ngoài ra còn có một đầu ra mà con người có thể đọc được hiển thị, không được thiết kế để phân tích cú pháp (xem:
- giải thích bên dưới).

CÁC VẤN ĐỀ CHUNG LỰA CHỌN

Hầu hết các lập luận có dạng ngắn và dài. Các hình thức dài
có nhiều khả năng ổn định theo thời gian và do đó nên được sử dụng trong các tập lệnh
gọi ipcress.

-h | --trợ giúp ngắn gọn
Hiển thị trợ giúp. Điều này sẽ hiển thị một bản tóm tắt ngắn gọn về các tùy chọn có sẵn, mặc định
và các giá trị hiện được đặt.

--Cứu giúp
Điều này hiển thị tất cả các tùy chọn trợ giúp bao gồm giá trị mặc định, giá trị hiện được đặt,
và biến môi trường có thể được sử dụng để đặt từng tham số. Sẽ có
là một dấu hiệu cho thấy những lựa chọn nào là bắt buộc. Các lựa chọn bắt buộc không có
mặc định và phải có một giá trị được cung cấp để ipcress chạy. Nếu tùy chọn bắt buộc
được sử dụng theo thứ tự, cờ của chúng có thể bị bỏ qua khỏi dòng lệnh (xem ví dụ
phía dưới). Không giống như trang người đàn ông này, thông tin từ tùy chọn này sẽ luôn được cập nhật
đến nay với phiên bản mới nhất của chương trình.

-v | --phiên bản
Hiển thị số phiên bản. Đồng thời hiển thị các thông tin khác như ngày xây dựng
và phiên bản glib được sử dụng.

FILE ĐẦU VÀO LỰA CHỌN

-i | --đầu vào
Dữ liệu thử nghiệm PCR ở định dạng tệp ipcress được mô tả ở trên.

-s | --sự nối tiếp
Chỉ định các trình tự. Nhiều tệp có thể được chỉ định ở đây, điều này làm giảm FSM
chi phí xây dựng và làm cho ipcress chạy nhanh hơn so với chạy quy trình
riêng biệt.

IPCRESS THÔNG SỐ

-m | - không khớp
Chỉ định số lượng không phù hợp cho phép trên mỗi lớp sơn lót. Việc cho phép sự không phù hợp sẽ làm giảm
tốc độ của chương trình như một vùng lân cận mồi lớn phải được xây dựng, và
ít thí nghiệm hơn có thể được đưa vào bộ nhớ trước mỗi lần quét trình tự
cơ sở dữ liệu.

-M | --kỉ niệm
Chỉ định dung lượng bộ nhớ mà chương trình sẽ sử dụng. Bộ nhớ được tạo ra nhiều hơn
ipcress có sẵn, nó sẽ chạy càng nhanh, vì có thể tiến hành nhiều thử nghiệm PCR hơn
trong mỗi lần quét cơ sở dữ liệu trình tự. Điều này không bao gồm bộ nhớ được sử dụng trong
quá trình quét (để lưu trữ từng phần kết quả và trình tự), do đó, lượng
bộ nhớ được sử dụng sẽ cao hơn một chút.

-p | --khá
Hiển thị kết quả ở định dạng con người có thể đọc được, không được thiết kế để phân tích cú pháp.

-P | --Mỹ phẩm
Hiển thị các sản phẩm PCR dưới dạng chuỗi định dạng FASTA.

-S | --hạt giống
Chỉ định độ dài hạt giống cho từ mới cho FSM. Nếu được đặt thành XNUMX,
lớp sơn lót đầy đủ được sử dụng. Các từ ngắn hơn làm giảm kích thước của vùng lân cận, nhưng
tăng thời gian ipcress thực hiện để lọc kết quả dương tính giả.

MÔI TRƯỜNG

Chưa được ghi lại.

VÍ DỤ

cải xoong kiểm tra.icress sequin.fasta
Đây là cách đơn giản nhất mà ipcress có thể được sử dụng.
cải xoong dbsts_human.icress --sự nối tiếp ncbi30 / *. fasta - không khớp 1
So sánh một tệp đầu vào với một tập hợp các tệp fasta, cho phép một tệp không khớp trong mỗi tệp
lót.

PHIÊN BẢN

Tài liệu này đi kèm với phiên bản 2.2.0 của gói exonerate.

Sử dụng ipcress trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net