Đây là ứng dụng Linux có tên NGSEP để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống là NGSEPcore_4.0.1.jar. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên NGSEP này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
NGSEP để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
NGSEP là một khung tích hợp để phân tích dữ liệu giải trình tự thông lượng cao DNA. Công dụng chính của NGSEP là xây dựng và phân tích hạ nguồn các bộ dữ liệu lớn về sự biến đổi của hệ gen. NGSEP thực hiện phát hiện chính xác và định dạng kiểu gen của các Biến thể Nucleotide Đơn (SNV), các indels nhỏ và lớn, các lần lặp lại song song ngắn (STR), các phép đảo ngược và Các Biến thể Số Sao chép (CNV). NGSEP cũng cung cấp các mô-đun để chú thích chức năng, lọc, chuyển đổi định dạng, so sánh, phân cụm, nhập, phân tích nội dung và các loại thống kê khác nhau. Danh sách đầy đủ các chức năng có sẵn trong wiki của chúng tôi (https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).TIN TỨC: Chúng tôi vừa cung cấp bản phát hành dòng lệnh đầu tiên của phiên bản 4, bao gồm cả việc triển khai riêng của chúng tôi về công cụ đọc chỉ mục FM. Việc sử dụng dòng lệnh đã được tiêu chuẩn hóa trên toàn bộ ứng dụng. Vui lòng dành thời gian cập nhật các tập lệnh để nâng cấp lên phiên bản mới này. Thông tin chi tiết có sẵn trong wiki.
Tính năng
- Phát hiện SNP, CNV và các biến thể cấu trúc
- Căn chỉnh các lần đọc thô với một bộ gen tham chiếu
- Thao tác VCF: chú thích chức năng, hợp nhất, lọc, so sánh, chuyển đổi định dạng, áp đặt
- Tính toán và lập biểu đồ thống kê SAM / BAM và VCF
- Đọc phân kênh
- Sự sắp xếp của các cụm bộ gen được chú thích
- Thống kê và lọc các niên giám trong bảng điểm ở định dạng GFF3
Khán giả
Ngành chăm sóc sức khỏe, Khoa học / Nghiên cứu, Đối tượng khác, Nông nghiệp
Giao diện người dùng
Java SWT, Bảng điều khiển / Thiết bị đầu cuối, Eclipse
Ngôn ngữ lập trình
Java
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/ngsep/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
