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bp_seqfeature_load.pl - 将 GFF 加载到 SeqFeature 数据库中

商品描述

传递任意数量的 GFF 或 fasta 格式文件（或带有嵌入式 fasta 的 GFF）以加载
特征和序列到 SeqFeature 数据库中。 要使用的数据库（和适配器）是
在命令行中指定。 使用 --create 标志创建新的 SeqFeature 数据库。

概要

bp_seqfeature_load.pl [选项] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

尝试 'bp_seqfeature_load.pl --help' 或 '--man' 以获取更多信息。

配置

-d，--dsn
DBI 数据源（默认 dbi:mysql:test）

-n, --命名空间
要使用的表前缀（默认为 undef） 允许多个独立的序列特征
数据库存储在单个数据库中

-s，--序列特征
要创建的 SeqFeature 类型... RTSC（默认 Bio::DB::SeqFeature）

-a, --适配器
要使用的存储适配器（类）（默认 DBI::mysql）

-v，--详细
打开详细进度报告（默认为 true） 使用 --noverbose 将其关闭。

-f，--快
激活快速加载。 （默认 0）仅适用于某些适配器。

-T，--临时目录
指定用于快速加载的临时目录（默认 File::Spec->临时目录())

-i, --ignore-seqregion
如果为 true，则忽略 GFF3 文件中的 ##sequence-region 指令（默认，创建一个
每个区域的功能）

-c，--创建
创建数据库并重新初始化（默认为 false） 注意，这将删除以前的
数据库内容，如果有的话。

-u，--用户
连接到数据库的用户身份

-p, --密码
用于连接数据库的密码

-z，--压缩包
压缩数据库表以节省空间（默认为 false）

-S，--子特征
打开子功能的索引（默认为 true）使用 --nosubfeatures 将其关闭。

- 概括
生成覆盖图的汇总统计信息（默认为 false）这可以在
先前加载的数据库或在加载期间。 如果 --create 是，它将默认为 true
用过的。

-N, --nosummary
不生成汇总统计信息以节省一些空间和加载时间（如果
--create 未指定，使用此选项显式关闭汇总统计
当 --create 被指定时）

--noalias-目标
不要在 Target 属性中创建值为 target_id 的 Alias 属性（如果
该要素包含一个 Target 属性，默认是创建一个 Alias 属性
其值为 Target 属性中的 target_id）

请参阅 http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml 有关 GFF3 的信息
格式。 BioPerl 通过添加 ##index-subfeatures 指令稍微扩展了格式。 放
如果您希望数据库能够检索功能的
独立于顶层的各个部分（例如转录本的外显子）
功能：

##索引-子特征 1

也可以根据具体情况控制子特征的索引
将“index=1”或“index=0”添加到要素的属性列表中。 这应该只使用
对于子特征。

子特征索引默认为真。 设置为 false (0) 以节省大量数据库空间
和速度性能。 您可以使用 --nosubfeatures 来强制执行此操作。

使用 onworks.net 服务在线使用 bp_seqfeature_loadp