这是 gmx-rotmat 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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gmx-rotmat - 绘制旋转矩阵以适应参考结构
概要
gmx 旋转垫 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-b [-e [-dt ]
[-[现在[-xvg [-参考 [-跳过 ]
[-[不]fitxy[-[没有]MW]
商品描述
GMX 旋转垫 绘制最小二乘拟合构象所需的旋转矩阵
在提供的参考构象上 -s. 在拟合之前删除翻译。
输出是三个向量，它们给出了 x、y 和 z 方向的新方向
参考构象的，例如：(zx,zy,zz) 是参考的方向
轨迹坐标系中的 z 轴。
例如，此工具可用于确定分子在某个位置的方向。
界面，可能在产生的轨迹上 GMX 转转 -合身 轮转+转会 去除
在旋转 XY 平面。
附加选项 -参考 确定用于拟合的参考结构，而不是使用该结构
， -s. 使用与所有其他结构的 RMSD 总和最低的结构。
由于这个过程的计算成本随着数量的平方增长
帧， -跳过 选项可能很有用。 完全合身或仅合身 XY 飞机可以
执行。
附加选项 -fitxy 适合在 XY 在确定旋转矩阵之前的平面。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] （rotmat.xvg）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-参考 （无）
确定最佳参考结构：none, xyz, xy
-跳过 (1)
使用每个第 nr 帧 -参考
-[不]fitxy （否）
在确定旋转之前拟合 x/y 旋转
-[没有]MW （是）
使用质量加权拟合
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-rotmat
