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gmx-saltbr - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 gmx-saltbr

这是 gmx-saltbr 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


gmx-saltbr - 计算盐桥

概要


gmx 盐br [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr>][-b [-e ]
[-dt [-t [-[否]九月]

商品描述


GMX 盐br 绘制所有带电基团组合之间的距离作为
时间。 这些组以不同的方式组合。 可以给出最小距离(即
截止),这样永远不会比该距离更近的组将不会被绘制。

输出将在许多固定的文件名中, 最小最小.xvg, 加-min.xvg
加-加.xvg, 或每个单独的离子对的文件,如果 -九月 选项被选中。 在
在这种情况下,文件被命名为 sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr)。 可能有 许多 这样的文件。

配置


指定输入文件的选项:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道: 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-s [<.tpr>] (白杨.tpr)
便携式 xdr 运行输入文件

其他选项:

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-t (1000)
永远不会比这个距离更近的组不会被绘制

-[否]九月 (否)
为每次交互使用单独的文件(可能很多)

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-saltbr


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