这是 gmx-saltbr 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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gmx-saltbr - 计算盐桥
概要
gmx 盐br [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr>][-b [-e ]
[-dt [-t [-[否]九月]
商品描述
GMX 盐br 绘制所有带电基团组合之间的距离作为
时间。 这些组以不同的方式组合。 可以给出最小距离(即
截止),这样永远不会比该距离更近的组将不会被绘制。
输出将在许多固定的文件名中, 最小最小.xvg, 加-min.xvg 和
加-加.xvg, 或每个单独的离子对的文件,如果 -九月 选项被选中。 在
在这种情况下,文件被命名为 sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr)。 可能有 许多 这样的文件。
配置
指定输入文件的选项:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道: 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr>] (白杨.tpr)
便携式 xdr 运行输入文件
其他选项:
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-t (1000)
永远不会比这个距离更近的组不会被绘制
-[否]九月 (否)
为每次交互使用单独的文件(可能很多)
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-saltbr