这是 gmx-rotacf 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
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gmx-rotacf - 计算分子的旋转相关函数
概要
gmx 罗塔夫 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-b [-e [-dt ]
[-[现在[-xvg [-[点头[-[没有]平均]
[-acflen [-[无]标准化[-P ]
[-fitfn [-开始适应 [-末端 ]
商品描述
GMX 轮转 计算分子的旋转相关函数。 原子三胞胎
(i,j,k) 必须在索引文件中给出，定义两个向量 ij 和 jk。 旋转的
ACF 计算为向量 n = ij x jk 的自相关函数，即
两个向量的叉积。 由于三个原子跨越一个平面，三个原子的顺序
原子无所谓。 可选地，通过调用 -d 开关，你可以计算
通过指定原子对 (i,j) 来获得线性分子的旋转相关函数
索引文件。
示例
GMX 轮转 -P 1 -nparm 2 -快速傅立叶变换 -n 指数 -o 罗塔夫-x-P1 -F A 实验-x-P1 -开始适应 2.5
-末端 20.0
这将使用一阶勒让德计算旋转相关函数
由索引文件定义的向量角度的多项式。 相关函数
将从 2.5 ps 到 20.0 ps 拟合为双参数指数。
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件
-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-[点头 （否）
对相关函数使用索引双峰（向量）而不是三联峰（平面）
-[没有]平均 （是）
平均分子数
-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半
-[无]标准化 （是）
标准化 ACF
-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3
-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9
-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间
-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
结束
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-rotacf
