这是 gmx-sorient 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
gmx-sorient - 分析溶质周围的溶剂取向
概要
gmx 东方 [-f [<.xtc/.trr/...>][-s [<.tpr/.gro/...>][-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>][-没有 [<.xvg>][-ro [<.xvg>]]
[-co [<.xvg>][-rc [<.xvg>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-xvg [-[没有]com[-[没有]v23]
[-rmin [-rmax [-cbin ]
[-rbin [-[不] PB]
商品描述
GMX 东方 分析溶质周围的溶剂取向。 它计算之间的两个角度
从一个或多个参考位置到每个溶剂的第一个原子的向量
分子：
· theta_1：溶剂分子的第一个原子与向量的夹角
原子 2 和 3 之间的中点。
· theta_2：与溶剂平面法线的夹角，由相同的三个定义
原子，或者，当选项 -v23 被设置，与原子 2 和
3.
参考可以是一组原子或一组原子的质心。 该组
溶剂原子应由每个溶剂分子 3 个原子组成。 仅溶剂分子
之间 -rmin 和 -rmax 被认为是 -o 和 -没有 每一帧。
-o：rmin<=r<=rmax 的 cos(theta_1) 分布。
-没有：rmin<=r<=rmax 的 cos(theta_2) 分布。
-ro： 和 <1cos(^3theta_2)-2> 作为距离的函数。
-co: cos(theta_1) 的距离 r 内所有溶剂分子的总和
3cos(^2(theta_2)-1) 作为 r 的函数。
-rc: 作为 r 函数的溶剂分子的分布
配置
指定输入文件的选项：
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续
-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件
指定输出文件的选项：
-o [<.xvg>] (sori.xvg)
xvgr/xmgr 文件
-没有 [<.xvg>] （打鼾.xvg）
xvgr/xmgr 文件
-ro [<.xvg>] （排序.xvg）
xvgr/xmgr 文件
-co [<.xvg>] （人渣.xvg）
xvgr/xmgr 文件
-rc [<.xvg>] （计数.xvg）
xvgr/xmgr 文件
其他选项：
-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)
-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)
-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧
-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档
-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无
-[没有]com （否）
使用质心作为参考位置
-[没有]v23 （否）
使用原子 2 和 3 之间的向量
-rmin (0)
最小距离 (nm)
-rmax (0.5)
最大距离 (nm)
-cbin (0.02)
余弦的 Binwidth
-rbin (0.02)
r (nm) 的 Binwidth
-[不] PB （否）
检查 PBC 以获取质心计算。 仅当您参考时需要
组由几个分子组成。
使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-sorient
