gmx-spatial - 云端在线

程序：

您的姓名

gmx-spatial - 计算空间分布函数

概要

gmx 空间 [-s [<.tpr/.gro/...>][-f [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>]]
[-b [-e [-dt [-[现在[-[不] PB]
[-[无]div[-ign [-垃圾桶 [-nab ]

商品描述

GMX 空间的 计算空间分布函数并以可以的形式输出
被 VMD 读取为 Gaussian98 立方体格式。 对于 32,000 个原子和 50 ns 的系统
轨迹，SDF 可以在大约 30 分钟内生成，大部分时间用于
到两个贯穿 转转 这是正确居中所需的一切。 这个
还需要一大堆空间（轨迹文件的 3 个副本）。 还是图片
当正确选择合适的选择时，它们非常漂亮且信息量很大。 3-4 个原子
一个广泛移动的基团（如溶液中的游离氨基酸）效果很好，或者选择
稳定折叠结构中的蛋白质骨架以获得溶剂的 SDF 并查看
时均溶剂化壳。 也可以使用这个程序来生成 SDF
基于一些任意笛卡尔坐标。 为此，只需省略初步 GMX
转转 脚步。

用法：

1。 使用 GMX 使_ndx 创建一个包含您想要 SDF 围绕的原子的组

2. GMX 转转 -s tpr -f 一个.tng -o b.tng -boxcenter 三角 -你 紧凑 -pbc 没有

3. GMX 转转 -s tpr -f b.tng -o tng -合身 腐烂+反式

4.运行 GMX 空间的 在 tng 第 3 步的输出。

5.负载 网格立方体 进入 VMD 并作为等值面查看。

备注 胶束等系统需要 GMX 转转 -pbc 簇 在步骤 1 之间
和2。

</p>
将为包含所有具有非零值的 bin 的多维数据集生成 SDF
占用。 然而，筹备 -合身 腐烂+反式 选项 GMX 转转 暗示
您的系统将在空间中旋转和平移（以便所选组
才不是）。 因此返回的值仅对某些区域有效
围绕您的中央组/坐标，始终与系统音量完全重叠
在轨迹过程中的整个平移/旋转系统。 这取决于
用户确保是这种情况。

冒险的 选项
为了减少所需的空间和时间，您可以只输出坐标
将在第一次和后续运行中使用 GMX 转转. 但是，请务必
设置 -nab 选择足够高的值，因为内存是为立方体箱分配的
基于初始坐标和 -nab 选项值。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-[不] PB （否）
使用周期性边界条件计算距离

-[无]div （是）
计算并应用基于原子/最小立方体的 bin 占有率的除数
尺寸。 设置为 TRUE 进行可视化，设置为 FALSE (-nodiv) 以获得准确的计数
每帧

-ign （-1）
不显示此数量的外部立方体（正值可能会减少边界
斑点； -1 确保外表面可见）

-垃圾桶 (0.05)
仓宽 (nm)

-nab (4)
额外的 bin 数量，以确保正确的内存分配

知 问题

· 当分配的内存不够大时，可能会出现段错误。 这是
通常被检测到，程序在故障前暂停，同时显示警告
建议使用的消息 -nab （附加箱的数量）选项。 然而
程序不会检测到所有此类事件。 如果遇到分段错误，请运行它
再次增加 -nab 计算值。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-spatial