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gmx-solvate - 溶剂化系统

概要

gmx 溶剂化物 [-cp [<.gro/.g96/...>][-CS [<.gro/.g96/...>]]
[-p [<.top>][-o [<.gro/.g96/...>][-框 ]
[-半径 [-规模 [-贝壳 ]
[-maxsol [-[小说]

商品描述

GMX 溶剂化物 可以做两件事之一：

1) 生成一盒溶剂。 指定 -CS 和 -框. 或指定 -CS 和 -cp 用
结构文件有一个盒子，但没有原子。

2) 在溶剂分子浴中溶解溶质构型，例如蛋白质。 指定
-cp （溶质）和 -CS （溶剂）。 溶质坐标文件中指定的框（-cp）是
使用，除非 -框 设置。 如果你想让溶质在盒子里居中，程序
GMX 编辑配置 有复杂的选项来改变盒子尺寸和使溶质居中。
溶剂分子从盒子中取出，其中任何原子之间的距离
溶质分子和溶剂分子的任何原子都小于缩放比例的总和
两个原子的范德华半径。 一个数据库（vdwradii.dat) 的范德瓦尔斯半径为
由程序读取，结果半径按比例缩放 -规模. 如果没有找到半径
数据库中，这些原子被分配了（预缩放的）距离 -半径.

默认溶剂是简单点电荷水 (SPC)，坐标来自
$GMXLIB/spc216.gro. 这些坐标也可用于其他 3 站点水模型，
因为短暂的平衡将消除模型之间的微小差异。 其他
还支持溶剂以及混合溶剂。 对溶剂的唯一限制
类型是溶剂分子恰好由一个残基组成。 残留信息
在坐标文件中使用，因此应该或多或少保持一致。 在
实践这意味着溶剂坐标文件中的两个后续溶剂分子
应该有不同的残留数。 溶质盒是通过堆叠
从坐标文件中读取的坐标。 这意味着这些坐标应该是
在周期性边界条件下平衡，以确保分子在
堆叠接口。 这 -maxsol 选项只添加第一个 -maxsol 溶剂
分子，而忽略了本来可以装入盒子的其余部分。 这可以创建一个
void 可能会在以后导致问题。 明智地选择您的音量。

设置 -贝壳 大于零将放置指定厚度的水层
(nm) 周围的溶质。 提示：将蛋白质放在盒子中央是个好主意
首先（使用 GMX 编辑配置).

最后， GMX 溶剂化物 将选择性地从您的拓扑文件中删除行
已添加溶剂分子数，并添加一行
坐标文件中的溶剂分子。

配置

指定输入文件的选项：

-cp [<.gro/.g96/...>] （蛋白质.gro） （可选）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-CS [<.gro/.g96/...>] （spc216.gro） （图书馆）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

指定输入/输出文件的选项：

-p [<.top>] (白杨.顶部) （可选）
拓扑文件

指定输出文件的选项：

-o [<.gro/.g96/...>] （out.gro）
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

其他选项：

-框 (0 0 0)
盒子尺寸（以纳米为单位）

-半径 (0.105)
默认范德华距离

-规模 (0.57)
从数据库中乘以范德瓦尔斯半径的比例因子
分享/gromacs/top/vdwradii.dat。 默认值 0.57 产生的密度接近
1000 g/l 用于水中的蛋白质。

-贝壳 (0)
溶质周围可选水层的厚度

-maxsol (0)
如果它们适合盒子，要添加的最大溶剂分子数。 如果为零
（默认）这被忽略

-[小说 （否）
保持速度不受输入溶质和溶剂的影响

知 问题

· 分子在初始构型中必须是完整的。

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