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maskfeate - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 maskfeate

这是命令 maskfeate 可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

名称


maskfeat - 编写一个带有屏蔽特征的序列

概要


面具专长 -序列 后继 [-类型 绳子[-降低 切换] -maskchar 绳子 -outseq 序列输出

面具专长 -救命

商品描述


面具专长 是来自 EMBOSS(“欧洲分子生物学公开赛”)的命令行程序
软件套件”)。 它是“编辑、特征表”命令组的一部分。

配置


输入 部分
-序列 后继

额外 部分
-类型 绳子
默认情况下,特征表中类型以“repeat”开头的任何特征都会被屏蔽。
您可以将其设置为您希望遮罩的任何特征类型。 看
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 有关 EMBL 要素类型的列表,请参阅
Swissprot 用户手册的附录 A http://www.expasy.org/sprot/userman.html
获取 Swissprot 要素类型的列表。 该类型可以使用“*”进行通配。 如果
您希望屏蔽多种类型,用空格或逗号分隔它们的名称,例如:
*UTR 重复* 默认值:重复*

-降低 切换
该区域可以通过将序列字符转换为小写来“屏蔽”,一些
非 EMBOSS 程序(例如 fasta)可以将其解释为屏蔽区域。 顺序是
除了大小写变化外,其他不变。 您可能希望确保整个序列
在将指定区域屏蔽为小写之前使用大写
'-晚餐' 标志。 默认值:N

-maskchar 绳子
屏蔽时使用的字符。 默认为“X”表示蛋白质序列,“N”表示核酸
序列。 如果掩码字符设置为空格字符或空字符,
然后通过将序列更改为小写来“屏蔽”序列,就像
“-小写”标志。 默认值:@($(acdprotein)?X:N)

输出 部分
-outseq 序列输出

使用 onworks.net 服务在线使用 maskfeate


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